结论：一个月原本有两天假，多休了那两天假是否还算工资，需根据假期的性质、公司规章制度以及劳动合同的约定来确定。

一、假期性质的影响

1. 法定假期和正常休息日：

   • 如果多休的假期属于法定节假日或正常休息日范畴，且这些日期是依法应享受的带薪休假，那么用人单位不应扣除工资。例如，若公司规定每月有2天假期，但员工实际休了3天，其中多休的1天是正常休息日，则这1天的工资不应被扣除。

2. 事假：

   • 若员工因个人原因请假且超出规定假期天数，且用人单位批准了该请假申请，则通常按照实际缺勤天数扣除相应工资。
   • 计算公式：当日工资 = 月工资收入 ÷ 月计薪天数（一般为21.75天）；应扣工资 = 当日工资 × 事假天数。
   • 示例：员工月工资6000元，多休了2天事假，则应扣工资约为551.72元（6000元 ÷ 21.75天 × 2天），当月实发工资会相应减少。

3. 病假：

   • 员工因病需要停止工作医疗时，在规定的医疗期内，用人单位应支付不低于当地最低工资标准80%的病假工资。若多休的假期属于病假，则工资计算需遵循此规定。

4. 年休假：

   • 若员工多休的假期是经用人单位安排或同意的年休假，则应按正常出勤支付工资。若未经批准擅自休假，可能会被认定为旷工，并依据公司规章制度进行处理。

二、公司规章制度与劳动合同的约定

1. 公司规章制度：

   • 不同公司对于假期的管理、考勤制度及工资计算可能有不同的规定。员工在休假前应查阅公司的员工手册、规章制度或与劳动合同相关的文件，了解关于假期管理、考勤制度及工资计算的具体规定。

2. 劳动合同约定：

   • 劳动合同中可能包含关于工资支付、加班、请假等条款，这些条款对于确定工资计算方式具有法律约束力。员工应仔细阅读劳动合同，了解自己的权益和义务。

三、实际操作建议

1. 提前沟通：

   • 员工在休假前应与用人单位沟通，了解公司对于多休假期的处理方式和工资计算规定。这有助于避免不必要的纠纷和误解。

2. 保留证据：

   • 员工应保留与休假相关的证据，如请假条、医院证明等。这些证据在发生纠纷时可能起到关键作用。

3. 咨询法律专业人士：

   • 如果员工对于多休假期的工资计算有疑问或遇到纠纷，可以咨询法律专业人士，如律师或劳动仲裁机构。他们可以提供专业的法律意见和帮助。

总结与建议：一个月原本有两天假，多休了那两天假是否还算工资，需根据具体情况和公司规定来确定。员工在休假前应了解清楚公司的相关规定和政策，以避免不必要的纠纷。如果遇到具体问题，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供准确的法律解答。