员工本身有疾病然后在工作时段内死亡，是否算工亡，需根据具体情况来判断，关键在于是否符合《工伤保险条例》中关于视同工伤的规定。以下是对此问题的详细分析：

一、视同工伤的情形

根据《工伤保险条例》第十五条第（一）项的规定，职工在工作时间和工作岗位，突发疾病死亡或者在48小时之内经抢救无效死亡的，视同工伤。这里的“48小时”起算时间，以医疗机构的初次诊断时间作为突发疾病的起算时间。对于员工本身有疾病的情况，如果他在工作时段内突发疾病，并满足以下条件之一，那么他的死亡可以视同工伤：

1. 突发疾病并当场死亡：员工在工作时段内，因疾病突然发作而当场死亡。

2. 48小时内经抢救无效死亡：员工在工作时段内突发疾病，被送往医院抢救，但在48小时之内因抢救无效而死亡。

二、不属于工伤的情形

若员工虽然本身有疾病，但不符合上述视同工伤的条件，则不能认定为工伤。具体包括以下几种情况：

1. 非工作时间或非工作岗位突发疾病：如果员工是在非工作时间或非工作岗位上突发疾病，即使后续因疾病死亡，也不能认定为工伤。

2. 超过48小时经抢救无效死亡：如果员工在工作时段内突发疾病，但经过抢救后在48小时之外才死亡，那么他的死亡也不能认定为工伤。

3. 存在特殊情形：根据《工伤保险条例》第十六条的规定，如果员工存在故意犯罪、醉酒或吸毒、自残或自杀等特殊情形，即使他在工作时段内因疾病死亡，也不能认定为工伤。

三、法律后果与建议

1. 若被认定为工伤死亡：员工的近亲属有权按照《工伤保险条例》的规定享受相应的工伤保险待遇，包括但不限于丧葬补助金、供养亲属抚恤金和一次性工亡补助金等。

2. 若不被认定为工伤死亡：则无法享受上述工伤保险待遇。此时，员工的家属可以考虑通过民事诉讼等途径，要求用人单位承担相应的人身损害赔偿责任，但这需要证明用人单位存在过错。

建议：工伤认定是一个严谨且复杂的法律过程，需要由社会保险行政部门根据具体的事实和证据进行审查判断。因此，若您或您的亲友遇到此类情况，建议及时保留好所有与事件相关的证据材料，如医疗记录、工作证明、目击者证言等，并尽快咨询我或当地的劳动保障部门，以便更好地了解自身权益并依法维护。

希望以上分析能对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。