在职仲裁期间，公司更换主体，员工是可以离职的。以下从不同角度为您详细分析：
一、员工离职的自主性
在法律范畴内，仲裁与离职并非互斥行为。员工具备自主决定的权利，既可以选择继续在职等待仲裁结果，也能在仲裁期间选择离职。这一自主性不受公司是否更换主体的影响。若员工认为继续留在公司对自身权益维护无利，或者有其他合理的离职缘由，如个人职业发展规划、家庭原因等，都可以选择离职。
二、离职的合法性与合规性
提前通知义务：
- 一般情况下，员工离职需依照公司规定或劳动合同约定，提前一定期限（如30日）通知公司。这是为了保障公司有足够的时间进行工作交接和人员调整。
- 若公司存在违法情形，如未按照劳动合同约定提供劳动保护或劳动条件、未及时足额支付劳动报酬、未依法为劳动者缴纳社会保险费等，员工可依据《中华人民共和国劳动合同法》第三十八条的规定，随时离职并主张相应权益。
离职手续的办理：
- 员工在离职时，需按照公司要求办理离职手续，如提交离职申请、交接工作等。这些手续的办理有助于保障公司运营的连续性和稳定性，同时也有助于员工维护自身合法权益。
- 在办理离职手续时，员工务必留存相关证据，如离职申请、交接清单等。这些证据在劳动仲裁中能帮助员工证明自身离职行为的合法性与合规性。
三、公司更换主体对员工离职的影响
劳动合同的连续性：
- 公司更换主体，可能涉及劳动合同的变更或重新签订。但无论劳动合同如何变更，员工都有权依据自身状况决定是否离职。
- 若新主体承认原劳动合同的效力，员工继续履行原劳动合同的，离职权利不受影响；若新主体要求重新签订劳动合同，员工在签订新合同前也有权考虑是否离职。
经济补偿的考虑：
- 若员工因公司更换主体而离职，且公司存在违法情形或未按照劳动合同约定履行义务，员工有权要求经济补偿。经济补偿的计算方式依据《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条的规定，按照劳动者在本单位工作的年限来计算。
- 需要注意的是，若员工自愿离职且公司不存在违法情形，一般情况下员工是无法获得经济补偿的。
四、实际操作建议
评估离职的利弊：
- 在决定离职前，员工应全面评估离职的利弊，包括对自身职业发展的影响、经济补偿的可能性等。
与公司沟通：
- 员工在离职前应与公司进行充分沟通，明确离职的原因、时间、手续等事项。这有助于减少离职过程中的纠纷和矛盾。
保留证据：
- 在离职过程中，员工务必保留好相关证据，如离职申请、交接清单、与公司沟通的记录等。这些证据在后续可能发生的劳动仲裁中至关重要。
总结来看，在职仲裁期间，公司更换主体并不影响员工离职的自主性。但员工在离职时需遵守法律规定和劳动合同约定，办理好离职手续并留存好相关证据。若您在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。