核心结论：借调人员工资不在本单位发放时，经济补偿金的计算需根据借调关系性质、劳动合同履行情况及实际用工单位责任综合判定，具体分以下情况处理：

1. 借调关系合法且三方协议明确时

若借调行为符合《劳动合同法》及相关规定（如企业间因生产需要临时借调员工），且三方（原单位、借调单位、劳动者）签订了书面借调协议，明确约定工资支付、社保缴纳及经济补偿责任主体，则经济补偿金由协议约定的责任方承担。

• 示例：协议约定借调期间工资由借调单位支付，但经济补偿仍由原单位承担的，劳动者离职时需向原单位主张补偿。
  
• 关键点：协议内容需合法且明确，否则可能被认定为无效条款。

2. 借调关系未明确协议或协议违法时

若三方未签订书面协议，或协议内容违反法律强制性规定（如免除原单位经济补偿责任），则经济补偿金一般由原单位承担，但需结合实际用工情况判定：

• 原单位未解除劳动合同：若劳动者与原单位的劳动合同未解除，仅借调至其他单位工作，且原单位未支付工资，但借调单位实际用工的，劳动者可主张：
  
  • 向原单位主张经济补偿：因劳动合同主体未变更，原单位仍为用人单位，需承担补偿责任；
    
  • 向借调单位主张连带责任：若借调单位存在过错（如未支付劳动报酬、未缴纳社保），可能需承担连带赔偿责任（依据《劳动合同法》第94条）。
    
• 原单位已解除劳动合同：若原单位以借调为由变相解除劳动合同（如未提供劳动条件、未支付工资），劳动者可主张违法解除赔偿金（2N），并需证明原单位存在过错。

3. 借调单位为实际用工主体时的特殊情形

若借调单位实际承担了管理职能（如考勤、考核、工作安排），且劳动者长期在借调单位工作，可能被认定为“事实劳动关系”。此时：

• 若原单位未解除合同：劳动者仍可向原单位主张经济补偿，但借调单位可能因实际用工被认定为共同雇主，需承担连带责任；
  
• 若原单位已解除合同：劳动者可直接向借调单位主张经济补偿（需证明借调单位为实际用人单位）。

操作建议

1. 核查书面协议：优先查看三方借调协议，明确工资支付、社保缴纳及补偿责任主体；
   
2. 固定用工证据：收集考勤记录、工作安排、工资支付凭证等，证明实际用工单位；
   
3. 协商或仲裁：若协商无果，可向劳动仲裁委申请仲裁，主张经济补偿金及可能的连带责任。

提示：借调关系中的经济补偿问题需结合具体证据和协议内容判定，建议根据实际情况提供材料，以便进一步分析。