即使私营企业职工吃回扣后退赔，并与公司达成谅解，公司仍然有权起诉。下面我将对此进行详细分析：

一. 法律权利与谅解协议的性质

1. 公司的法律权利：根据《中华人民共和国民事诉讼法》等相关法律规定，公司作为民事主体，享有依法提起诉讼的权利。当公司的利益受到侵害时，无论是否达成谅解，公司都有权选择通过法律途径维护自身权益。
2. 谅解协议的性质：谅解协议通常是双方就某一争议事项达成的一种和解或妥协，但它并不等同于法律上的“免责”或“放弃追诉权”。谅解协议可以作为双方和解的依据，但并不能完全排除公司后续依法行使诉讼权利的可能性。

二. 吃回扣行为的法律后果

1. 吃回扣行为的性质：吃回扣通常被视为一种违反职业道德和可能构成犯罪的行为，它损害了公司的利益和声誉。即使职工已经退赔，也不能完全消除其行为的违法性和对公司造成的损害。
2. 法律责任的承担：职工吃回扣后，除了需要退赔外，还可能面临公司内部的纪律处分、行政处罚甚至刑事责任。而公司是否选择起诉，取决于其对公司利益、法律后果以及诉讼成本的综合考量。

三. 实际案例与启示

• 在实际案例中，即使双方达成了谅解协议，公司也可能因为后续发现新的证据、职工再次违规或公司利益进一步受损等原因而选择起诉。因此，谅解协议并不能完全保障职工免受法律追究。

综上所述，即使私营企业职工吃回扣后退赔，并与公司达成谅解，公司仍然保留起诉的权利。我的观点是，公司在决定是否起诉时，会综合考虑多种因素，包括但不限于职工的行为性质、退赔情况、谅解协议的具体内容以及公司自身的利益和需求。如有进一步需要，您可以继续咨询我。