结论：吃回扣被公司发现后以此辞退，员工是否有补偿需根据具体情况判断，主要取决于公司辞退行为的合法性。若公司合法辞退，则员工无补偿；若公司违法辞退，则员工有权要求补偿。
详细分析：
公司合法辞退的情况：
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条，劳动者严重违反用人单位的规章制度的，用人单位可以解除劳动合同，且无需支付经济补偿。吃回扣属于严重违反职业道德和公司规章制度的行为，若公司规章制度中明确规定了此类行为为严重违纪，且该规章制度已向员工公示或告知，公司有权以此为由辞退员工，且无需支付补偿。
- 实际操作：公司需提供充分证据证明员工存在吃回扣的行为，如交易记录、证人证言等，并确保辞退程序合法，如提前通知工会、告知员工辞退理由等。
公司违法辞退的情况：
- 法律依据：若公司无法证明员工存在吃回扣的行为，或辞退程序不合法（如未提前通知工会、未告知员工辞退理由等），则构成违法辞退。根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十八条和第八十七条，员工有权要求公司继续履行劳动合同或支付赔偿金。
- 赔偿标准：赔偿金的标准为经济补偿标准的二倍。经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。
建议：
- 对于员工：若认为自己被公司违法辞退，应收集相关证据（如工作记录、交易记录、公司规章制度等），并咨询专业律师，了解自己的权益和维权途径。
- 对于公司：在辞退员工前，应确保有充分证据证明员工存在违纪行为，并遵循合法程序进行辞退，以避免法律风险。
示例：
- 假设员工A在公司担任采购职务，利用职务之便吃回扣，被公司发现后辞退。若公司规章制度中明确规定了吃回扣为严重违纪行为，且公司能提供充分证据证明A存在吃回扣的行为，则公司辞退A的行为合法，无需支付补偿。
- 假设员工B同样存在吃回扣的行为，但公司无法提供充分证据证明，或辞退程序不合法（如未提前通知工会），则B有权要求公司支付赔偿金。
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