公司被扣款了，公司还能起诉吗？

首先，明确一点，如果公司被扣款，且该扣款行为没有合法依据或违反了相关合同、法律规定，那么公司是有权利起诉的。

1. 起诉的法律依据与时效：

   • 根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。这意味着，如果公司认为扣款行为侵犯了其权益，可以在三年内提起诉讼。
   • 诉讼时效期间的计算是从权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。因此，从公司知道或应当知道被扣款且该扣款行为不合法或违约的那一刻开始，三年的诉讼时效期间就开始计算。

2. 起诉前的准备：

   • 在决定起诉之前，公司应首先尝试与公司内部相关部门或人员沟通，了解扣款的具体原因和依据，看是否能通过协商解决。
   • 如果协商无果，公司可以收集相关证据，如扣款通知、财务记录、合同等，以证明扣款行为的违法性或违约性。

3. 起诉的流程与费用：

   • 起诉公司需要向有管辖权的人民法院提交起诉状，并提供相关证据。
   • 起诉费用根据具体的案由和诉讼请求的金额或价额来确定，具体可参照《诉讼费交纳办法》的相关规定。

4. 特别提示：

   • 如果扣款行为涉及劳动争议，如工资扣发等，根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。因此，公司应在一年内提起劳动争议仲裁，对仲裁裁决不服的，才能向人民法院提起诉讼。
   • 在处理此类问题时，公司应确保遵循法定的程序和时效规定，以免因超过时效而丧失胜诉权。

综上所述，如果公司被扣款且认为该扣款行为不合法或违约，可以在法定的诉讼时效期间内提起诉讼。但在起诉前，建议公司先尝试通过协商或投诉等方式解决问题，若无法解决，再依法提起诉讼。