结论：两年前被公司不合法扣款，您仍然有权通过法律途径维护自己的权益，但具体能否成功起诉并获得赔偿，需结合诉讼时效、证据情况等因素综合判断。以下从多个角度为您详细分析：
一、诉讼时效问题
一般规定：根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。这意味着，从您知道或应当知道权利被侵害之日起三年内，您有权向法院提起诉讼。
特殊情况：虽然您提到的是两年前的事件，但若您在此期间内曾向公司提出过异议、投诉或协商，且这些行为能够证明您一直在积极主张自己的权利，那么诉讼时效可能会因此中断并重新计算。此外，如果公司的不合法扣款行为具有持续性（如每月都扣款），则诉讼时效可能从最后一次扣款之日起计算。
二、证据收集与保存
关键证据：为了证明公司的不合法扣款行为，您需要收集并保存相关证据，如工资条、银行流水、公司扣款通知、与公司的沟通记录（如邮件、短信、微信聊天记录等）以及同事的证言等。
证据效力：确保您收集的证据真实、合法且与案件具有关联性。如果可能，尽量获取公司的书面确认或盖章文件，以增强证据的证明力。
三、法律途径与程序
协商与调解：在提起诉讼前，您可以尝试与公司进行协商或寻求第三方调解机构的帮助，以和平解决纠纷。这不仅可以节省时间和成本，还有助于维护双方的关系。
提起诉讼：如果协商和调解无果，您可以向法院提起诉讼。在起诉时，您需要准备起诉状、证据材料以及缴纳诉讼费等。法院将依法审理案件，并作出判决。
执行判决：如果法院判决公司返还扣款并支付赔偿，但公司拒不履行，您可以向法院申请强制执行。法院将采取一系列措施来确保判决得到执行。
四、可能面临的法律后果
胜诉后果：如果法院认定公司的不合法扣款行为成立，您将有权获得返还的扣款以及可能的赔偿（如利息、精神损害抚慰金等）。
败诉后果：如果法院认为您的诉求缺乏事实或法律依据，或者您未能提供充分的证据支持自己的主张，那么您可能会败诉。这意味着您需要承担诉讼费用，并且无法获得返还的扣款或赔偿。
五、建议与注意事项
及时行动：虽然诉讼时效为三年，但建议您尽快采取行动，以免因时间拖延而导致证据丢失或诉讼难度增加。
咨询专业律师：在提起诉讼前，建议您咨询专业律师的意见。律师可以根据您的具体情况提供针对性的法律建议，并帮助您准备起诉材料和证据。
保持冷静与理性：在处理此类纠纷时，保持冷静与理性至关重要。避免采取过激行为或发表不当言论，以免对案件处理产生不利影响。
最后，如果您有任何关于公司法务或劳动工伤方面的法律问题，都可以直接向我咨询。我会根据您的具体情况提供专业的法律建议和帮助。