结论：两年前公司对员工的不合法处罚，在一般情况下可能因超过劳动仲裁时效而无法申请劳动仲裁，但也存在特殊情况使得仲裁申请仍可能被受理。
分析说明：
劳动仲裁时效的一般规定：
- 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。
- 这意味着，如果员工在两年前就知道或应当知道公司对其进行了不合法处罚，那么从该日起算，一年内应申请劳动仲裁，否则可能因超过时效而无法获得支持。
特殊情况下的时效中断与中止：
- 时效中断：在仲裁时效期间内，如果因当事人一方向对方当事人主张权利，或者向有关部门请求权利救济，或者对方当事人同意履行义务而中断。从中断时起，仲裁时效期间重新计算。
- 时效中止：因不可抗力或者有其他正当理由，当事人不能在本条第一款规定的仲裁时效期间申请仲裁的，仲裁时效中止。从中止时效的原因消除之日起，仲裁时效期间继续计算。
- 如果员工在两年内存在上述时效中断或中止的情形，那么仲裁时效可能会相应延长，使得两年后的仲裁申请仍可能被受理。
不合法处罚的认定与证据收集：
- 员工需要证明公司对其的处罚是不合法的，这通常需要收集相关证据，如公司规章制度、处罚决定书、员工手册等。
- 如果员工能够提供充分证据证明公司处罚的不合法性，并且存在时效中断或中止的情形，那么其仲裁申请更有可能被受理。
行动建议：
- 尽快咨询专业律师：由于劳动仲裁时效问题涉及复杂的法律判断和证据收集，建议员工尽快咨询专业律师，以评估其仲裁申请的可行性和胜诉率。
- 收集并保存证据：员工应尽快收集并保存与不合法处罚相关的所有证据，以便在仲裁或诉讼过程中提供有力支持。
- 考虑其他救济途径：如果劳动仲裁因时效问题无法受理，员工还可以考虑通过诉讼、协商、调解等其他途径来维护自己的合法权益。
后续思考：
- 员工应更加关注自己的劳动权益，及时了解并学习相关法律法规，以便在权益受到侵害时能够迅速采取行动。
- 公司也应加强内部管理，确保处罚决定的合法性和合理性，避免引发不必要的劳动争议。
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