当劳动合同中约定的试用期超过法律规定的期限时，劳动者可以采取以下措施来维护自己的合法权益：

一、明确试用期超期的法律后果

首先，需要明确的是，用人单位约定的试用期超过法定标准的，超过部分是无效的。这意味着，从法律角度讲，超出法定试用期的期间，应被视为用人单位与劳动者已经建立了正式的劳动关系。

二、要求支付赔偿金

根据《劳动合同法》的相关规定，如果用人单位违反规定与劳动者约定了过长的试用期，并且这个试用期已经被履行，那么用人单位需要按照试用期满的月工资标准，向劳动者支付超过法定试用期的赔偿金。例如，如果法定试用期是1个月，但单位约定了3个月，并且这多出的2个月已经被履行，那么单位就需要支付这2个月的赔偿金。

三、视为正式劳动关系并享受相应权益

在超出法定试用期的期间内，劳动者应被视为正式员工，享有正式员工的所有权益，包括但不限于工资待遇、社保福利等。如果用人单位没有按照正式员工的标准来支付工资或提供福利，劳动者有权要求补足。

四、与用人单位协商

在采取法律行动之前，劳动者可以先尝试与用人单位进行协商。可以指出试用期约定违法的事实，并要求用人单位按照正式员工的待遇来补足工资差额，同时签订正式的劳动合同。

五、申请劳动仲裁或提起诉讼

如果与用人单位的协商没有结果，劳动者可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。在申请仲裁时，需要提交劳动合同、工资条、考勤记录等证据，以证明劳动关系和试用期的情况。如果对仲裁结果不服，还可以在规定的时间内向人民法院提起诉讼。

六、注意仲裁时效

在维护自己权益的过程中，劳动者还需要注意仲裁时效的问题。一般来说，劳动争议的仲裁时效为一年，从知道或者应当知道自己的权益被侵害之日起计算。因此，劳动者需要及时维权，避免因为时效问题而影响自己的权益。

七、关注其他可能的相关问题

除了上述措施外，劳动者还可以关注一些与试用期超期紧密相关的其他问题。例如，超出法定试用期的这段时间内，劳动者的工资待遇应该如何确定（通常应按照正式员工的工资标准来支付）；如果因为试用期超期给劳动者造成了其他损失（如职业发展受限等），劳动者是否可以主张额外的赔偿等。

综上所述，当劳动合同中约定的试用期超过法律规定的期限时，劳动者有多种方式来维护自己的合法权益。希望这些建议能对您有所帮助。