针对您提出的女职工怀孕期间一直请假且已超过法定医疗期应当如何处理的问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，女职工在孕期享有特殊的劳动保护权益。根据相关法律法规，女职工在孕期不能适应原劳动的，用人单位应当根据医疗机构的证明，予以减轻劳动量或者安排其他能够适应的劳动。这是为了保障女职工在孕期的身体健康和胎儿的安全。
当女职工怀孕期间一直请假且已超过法定医疗期时，用人单位的处理方式应当遵循以下原则：
不得解除劳动合同：
- 根据法律规定，用人单位不得因女职工怀孕而降低其工资、福利待遇，或辞退女职工、单方解除劳动（聘用）合同。因此，即使女职工请假时间超过法定医疗期，用人单位也不能以此为由解除劳动合同。
协商处理请假事宜：
- 用人单位应与女职工进行协商，了解其请假原因和身体状况，并尝试达成合理的请假安排。例如，可以协商延长病假、调整工作岗位或工作方式等，以适应女职工的身体状况。
依据医疗证明调整工作：
- 如果女职工能够提供医疗机构的证明，表明其因孕期原因无法继续从事原工作，用人单位应根据证明内容，合理安排女职工的工作，如减轻劳动量、安排其他能够适应的劳动等。
保障生育保险待遇：
- 如果女职工按照规定休产假或计划生育手术假，应享受国家和省规定的生育保险待遇。如果用人单位未参加生育保险或欠缴生育保险费，导致女职工不能享受生育保险待遇的，用人单位应按照规定向女职工支付费用。
关注女职工心理健康：
- 除了物质上的保障外，用人单位还应关注女职工的心理健康，提供必要的心理支持和辅导，帮助其度过孕期这一特殊时期。
综上所述，当女职工怀孕期间一直请假且已超过法定医疗期时，用人单位应遵循相关法律法规，不得解除劳动合同，并与女职工协商处理请假事宜，依据医疗证明调整工作，保障其生育保险待遇，并关注其心理健康。这样既能保障女职工的合法权益，也能维护用人单位的正常运营秩序。