公司应首先全面了解申诉内容，并进行内部调查与核实，再依法与员工协商解决或进行后续处理。以下是对此问题的详细分析：
一. 了解申诉内容
当公司收到未在职申诉时，首先应全面了解申诉的具体内容和理由。这包括但不限于申诉人声称自己从未在公司任职，但被错误地记录为公司的员工，或者被误列入公司的税务申报等。通过了解申诉内容，公司可以初步判断申诉的合理性和可能涉及的法律问题。
二. 内部调查与核实
- 成立调查小组：公司应成立专门的调查小组，对申诉内容进行深入调查。调查小组应确保公正、公平，充分听取申诉人的陈述和意见。
- 收集证据：调查过程中，公司需要收集相关证据材料，如员工花名册、工资发放记录、社保缴纳证明等，以证明申诉人是否确实未在公司任职，以及公司是否存在虚报员工收入等情况。
三. 依法处理
- 与员工协商解决：在调查核实的基础上，公司应积极与申诉人进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。如果双方能够达成一致意见，应签订书面协议，明确解决方案的具体内容和执行方式。
- 配合税务机关调查：如果申诉涉及税务问题，公司应积极配合税务机关的调查工作。税务机关可能会对公司进行详细的税务审核，包括核实员工的社保、工资计提、申报、发放明细以及企业账本等。公司应提供真实、准确的信息和资料，以协助税务机关完成调查。
- 依法承担法律责任：如果税务机关审核发现公司存在漏税行为，如未足额代扣代缴员工个人所得税等，公司应依法承担相应的法律责任。这可能包括补缴税款、滞纳金及罚款等。
四. 总结经验教训
公司应对未在职申诉事件进行总结，分析原因并吸取经验教训。通过改进管理制度、提高员工福利待遇等措施，降低员工申诉的风险，维护公司的稳定和发展。
我的观点：面对未在职申诉，公司应保持冷静和理性，依法依规进行处理。通过全面了解申诉内容、进行内部调查与核实、依法与员工协商解决或进行后续处理等措施，公司可以有效应对未在职申诉带来的挑战和风险。如有进一步需要，您可以继续咨询我。