当您把对方公司申诉后，对方公司通常会采取一系列步骤来应对这一情况。以下是对对方公司可能处理流程的详细解答：

一、接收申诉通知

首先，对方公司会收到税务系统或相关部门的申诉通知。这通常是通过电子邮件、短信或系统消息等方式传达的。通知中会包含申诉的详细内容，包括申诉人信息、申诉原因以及相关的证据材料。

二、核实申诉内容

收到申诉后，对方公司会立即对申诉内容进行核实。这包括查看申诉人提供的证据材料，如劳动合同、工资单、社保缴纳记录等，以确认申诉的真实性。同时，公司也会检查自身的相关记录，如员工入职记录、薪资发放记录等，以确认是否存在误操作或冒用情况。

三、联系申诉人

如果申诉内容属实，对方公司通常会主动与申诉人联系，希望能够撤回申诉并协商处理。这是因为申诉一旦成功，公司可能会面临税务部门的处罚，包括罚款、补缴税款等。因此，公司通常会希望与申诉人达成和解，以避免不必要的法律纠纷和损失。

四、应对税务部门调查

如果申诉未能撤回，税务部门将会对公司展开调查。在调查过程中，公司需要配合税务部门提供相关的财务和税务资料，以证明自身的合规性。如果调查发现公司确实存在违规行为，税务部门将依法对公司进行处罚。

五、接受处罚并整改

如果公司被证实存在违规行为，如冒用他人身份信息代缴个税等，公司将需要接受税务部门的处罚。处罚可能包括罚款、补缴税款、滞纳金等。同时，公司还需要对违规行为进行整改，以避免类似问题再次发生。

六、加强内部管理

为了避免类似问题的再次发生，对方公司可能会加强内部管理，包括完善员工入职流程、加强财务和税务管理、定期进行内部审计等。这将有助于确保公司的合规性，并保护公司和员工的合法权益。

综上所述，当您把对方公司申诉后，对方公司会采取一系列步骤来应对申诉，并尽力避免可能的法律纠纷和损失。同时，公司也会加强内部管理，以确保未来的合规性。