针对您提出的问题，即在公司不承认劳动者手中的劳动合同，并另拿出一份不同的劳动合同时，应该如何处理，以下是我的详细解答：
收集并保留证据：
- 首先，务必收集并保留所有能证明您与公司存在劳动关系的证据。这些证据包括但不限于工资条、银行流水（显示工资发放情况）、工作证、考勤记录、工作邮件、同事证言等。这些证据将有力证明您与公司的劳动关系，即使公司不承认您手中的劳动合同。
与公司协商：
- 在收集到足够证据后，您可以尝试与公司进行协商，明确表达您的诉求，即要求公司承认您手中的劳动合同并履行相应义务。在协商过程中，建议以书面或邮件形式留存协商记录，以备后续使用。
向劳动监察部门投诉：
- 如果协商无果，您可以向当地的劳动监察部门进行投诉。劳动监察部门有权对公司进行调查，并责令公司提供劳动合同等相关资料。如果公司无法提供或提供的劳动合同与您手中的不符，劳动监察部门可能会判定公司存在违法情形，并对其进行相应的处罚。
申请劳动仲裁：
- 若劳动监察部门未能有效解决问题，您可以向劳动合同履行地或用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会提出仲裁申请。在仲裁过程中，您需要充分准备证据，以清晰证明劳动关系的存在以及公司不承认劳动合同的事实。仲裁委员会将根据双方提供的证据进行裁决。
提起诉讼：
- 如果对仲裁结果不服，您可以在规定的时间内向人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，您需要继续提供证据支持自己的诉求，并遵循法院的诉讼程序。法院将根据事实和法律进行判决，以维护您的合法权益。
法律背景与建议：
- 在处理此类问题时，务必保持冷静和理性，不要采取过激行为。
- 劳动合同并非认定劳动关系的唯一依据。即使没有书面合同，只要能提供其他能证明劳动关系的证据，依然可以维护自身权益。
- 在整个过程中，建议咨询专业律师（当然，您可以直接向我咨询）以获取更具体的法律建议和帮助。
可能的法律后果：
- 如果公司被判定存在违法情形，如未签订劳动合同或提供虚假劳动合同等，可能会面临罚款、赔偿等法律责任。
- 如果劳动者能够成功证明劳动关系的存在以及公司不承认劳动合同的事实，可能会获得相应的经济补偿或赔偿。
综上所述，面对公司不承认劳动合同的情况，您应该积极收集证据、与公司协商、向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁以及提起诉讼等步骤来维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。