若在合同纠纷中起诉公司，但公司不承认合同，您可按照以下步骤处理：
一、确认合同效力
- 判断合同是否真实有效：
- 合同若满足成立要件，如双方意思表达真实（即双方都是自愿签订，不存在欺诈、胁迫等情况）、内容合法（不违反法律法规的强制性规定）、有明确的标的（如货物、服务等），即便公司不承认，合同依然是有效的。
二、固定相关证据
查看有无其他旁证：
- 例如双方关于该合同的聊天记录、邮件往来等，这些能证明双方对合同有过讨论和约定。
保留合同履行过程中的凭证：
- 若合同已实际履行，要保留好履行过程中的凭证，如送货单能证明货物交付情况，收款记录能证明款项收支情况。
寻找合同的见证人：
- 他们能证明合同签订的过程，增强合同的真实性和可信度。
三、走法律途径解决
协商与沟通：
- 尝试与公司重新展开协商，明确阐述合同的法律约束力以及您所拥有的权益，看是否能达成和解。
申请鉴定：
- 若公司对合同上的签章或形成时间等有异议，可申请笔迹鉴定或合同形成时间鉴定等，以此确认合同的真实性。
提起诉讼：
- 收集好证据后，向法院提起诉讼，请求法院确认合同效力，强制对方履行合同义务或者承担违约责任。法院会根据证据和法律规定作出公正的裁决。
四、具体操作建议
整理证据材料：
- 将所有与合同相关的证据材料进行整理，包括合同原件、聊天记录、邮件往来、送货单、收款记录、见证人证言等，确保证据的完整性和真实性。
撰写起诉状：
- 根据事实和法律依据，撰写起诉状，明确诉讼请求和事实理由，提交给法院。
参与诉讼过程：
- 在诉讼过程中，积极配合法院的工作，参与庭审，陈述事实，提供证据，维护自己的合法权益。
示例说明：
假设您与某公司签订了一份买卖合同，但公司事后不承认该合同，称合同无效。此时，您应首先确认合同是否满足成立要件，如双方意思表示真实、内容合法、有明确标的等。然后，收集与该合同相关的证据材料，如聊天记录、邮件往来、送货单等。若协商不成，可申请笔迹鉴定等确认合同的真实性，并向法院提起诉讼。在诉讼过程中，提供充分的证据证明合同的真实性和实际履行情况，请求法院确认合同效力，强制对方履行合同义务或者承担违约责任。
法律后果提示：
- 若公司不承认合同但合同确实有效，且您能提供充分的证据证明合同的真实性和实际履行情况，法院将依法确认合同效力，并判决公司履行合同义务或者承担违约责任。
- 若您未能提供充分的证据证明合同的真实性和实际履行情况，或者合同本身存在瑕疵（如内容违法、意思表示不真实等），则可能面临败诉的风险。
进一步思考：
- 在签订合同时，应确保合同内容明确、具体、合法，并尽量采用书面形式签订，以便在发生纠纷时能够提供充分的证据。
- 在合同履行过程中，应保留好相关凭证和记录，以便在需要时能够证明合同的实际履行情况。
- 若遇到合同纠纷且公司不承认合同的情况，应及时咨询专业律师，以便得到专业的法律建议和帮助。
有问题可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律解答。