针对您提出的“招标代理合同约定中标单位支付招标代理费以谁为被告”的问题，以下是我的详细解答：
以中标单位为被告：
- 核心前提：若招标代理合同中明确约定了中标单位为招标代理费的支付方，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么当中标单位未按照约定支付招标代理费时，招标代理机构有权以中标单位为被告提起诉讼。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》中关于合同的规定，合同双方应当按照约定履行自己的义务。当中标单位作为合同的一方，未履行支付招标代理费的义务时，招标代理机构有权要求其承担违约责任。
- 实践建议：在提起诉讼前，招标代理机构应确保已充分履行了合同义务，并保留好相关证据，如招标代理合同、中标通知书、催款通知等，以便在诉讼中证明自己的主张。
以招标人为被告（特殊情况）：
- 核心前提：虽然招标代理合同通常约定中标单位为支付方，但在某些特殊情况下，如招标人未按照约定向中标单位支付款项，导致中标单位无法向招标代理机构支付费用，或者招标人与中标单位之间存在串通等违法行为，损害了招标代理机构的利益时，招标代理机构可能会考虑以招标人为被告提起诉讼。
- 法律依据：在此情况下，招标代理机构可能需要依据《中华人民共和国民法典》中关于侵权责任或不当得利的规定，以及相关法律法规中关于招标投标活动的规定来主张自己的权利。但需要注意的是，这种情况相对较少见，且需要具体分析合同条款和案件事实。
- 实践建议：在考虑以招标人为被告提起诉讼前，招标代理机构应谨慎评估案件事实和法律依据，并咨询专业律师的意见。
同时起诉招标人和中标单位（共同被告）：
- 核心前提：在某些复杂情况下，如招标人和中标单位之间存在串通行为，共同损害了招标代理机构的利益时，招标代理机构可能会考虑同时起诉招标人和中标单位作为共同被告。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民事诉讼法》中关于共同诉讼的规定，当两个或两个以上的当事人对同一诉讼标的具有共同的权利或义务时，可以列为共同被告。在此情况下，招标代理机构可以依据相关法律法规和合同条款，主张招标人和中标单位共同承担违约责任或侵权责任。
- 实践建议：在提起共同诉讼前，招标代理机构应充分收集证据，证明招标人和中标单位之间存在串通行为或其他共同损害其利益的行为，并咨询专业律师制定诉讼策略。
综上所述，在招标代理合同约定中标单位支付招标代理费的情况下，通常应以中标单位为被告提起诉讼。但在特殊情况下，如招标人存在过错或招标人与中标单位之间存在串通行为时，招标代理机构也可以考虑以招标人为被告或同时起诉招标人和中标单位作为共同被告。具体应以何种方式提起诉讼，应根据案件事实和法律依据进行综合判断。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。