公司改成综合工时制，并非仅由百分之60的员工同意就可以决定。

首先，我们要明确的是，工时制度的变更涉及到员工的切身利益，因此必须严格遵守相关法律法规的规定。在我国，根据《劳动法》和《关于企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制的审批办法》等相关规定，企业想要实行综合计算工时工作制，必须报经劳动行政部门审批，而非仅仅由员工投票决定。

具体来说，企业需要向劳动行政部门提交相关材料，包括但不限于企业的生产特点、工作性质、员工的岗位职责等，以证明其符合实行综合计算工时工作制的条件。劳动行政部门在收到申请后，会进行严格的审查，并根据实际情况作出是否批准的决定。

此外，即使企业获得了劳动行政部门的批准，也需要在实施前与员工进行充分的沟通和协商，确保员工了解并接受这一变更。如果员工对变更存在异议，企业应当认真听取并合理解决。

综上所述，公司改成综合工时制并非仅由百分之60的员工同意就可以决定，而是需要严格遵守相关法律法规的规定，并经过劳动行政部门的审批。如果你有关于劳动工时制度的任何疑问或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。