职务侵占在前，个人合作协议和借条在后，不一定构成职务侵占罪。具体是否构成，需结合多个因素进行综合判断。

1. 职务侵占罪的定义：职务侵占罪是指单位人员利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的行为。因此，判断的关键在于行为人是否利用职务便利，以及是否有非法占有的目的。

2. 借条的影响：

   • 若借条真实合法，且借款是基于正当的业务需求或合作协议中的约定，那么这种行为通常不构成职务侵占罪。因为此时行为人并没有非法占有的目的，而是基于合法的借贷关系或业务合作需要而占有单位财物。
   • 若借条虚假，或者虽然借条真实但行为人利用职务便利非法占有单位财物且未归还，那么就可能构成职务侵占罪。因为此时行为人具有非法占有的目的，且利用了职务上的便利。

3. 合作协议的影响：

   • 合作协议的存在并不直接决定是否构成职务侵占罪。关键在于协议的内容是否真实、合法，以及行为人是否按照协议履行了相应的义务。
   • 如果合作协议是真实的，且行为人按照协议履行了义务，那么即使之前存在职务侵占的行为，也可能因为后续的合法行为而不构成职务侵占罪。
   • 如果合作协议是虚假的，或者行为人未按照协议履行义务，而是利用职务便利非法占有单位财物，那么就可能构成职务侵占罪。

综上所述，职务侵占在前，个人合作协议和借条在后，并不直接决定是否构成职务侵占罪。而是需要根据借条的真实性、合法性，合作协议的内容以及行为人的具体行为等多个因素进行综合判断。如果你对此类问题存在疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。