职务侵占后达成协议，并不能完全免除刑事责任，但协议的相关情况可能在量刑时被考虑。以下是对这一问题的详细分析：

1. 职务侵占罪的性质与刑事责任：

   • 职务侵占罪是指公司、企业或其他单位的工作人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，且数额较大的行为。这是一种侵犯财产权的犯罪行为，明确受《中华人民共和国刑法》的规制。
   • 职务侵占罪属于公诉案件，由人民检察院代表国家提起公诉。因此，即使被害单位与犯罪嫌疑人就职务侵占的财物返还、赔偿等事项达成了协议，这只能处理民事纠纷部分，并不影响司法机关对犯罪行为的刑事立案、侦查、起诉和审判。

2. 协议对量刑的可能影响：

   • 积极退赃退赔：如果犯罪嫌疑人在案发后积极退还侵占的财物，这通常被视为悔罪表现，可能在量刑时作为从轻处罚的情节予以考量。例如，如果侵占的财物数额较大，但犯罪嫌疑人及时退还，且没有给单位造成实际损失，法院可能会酌情从轻判处刑罚。
   • 取得谅解：被害单位出具的谅解书也是法院从轻量刑的因素之一。谅解书体现了双方的和解意愿及被告人的悔罪态度，虽然不必然导致不追究刑事责任，但可能在量刑幅度上有所体现。

3. 协议的有效性与司法机关的介入：

   • 协议的有效性取决于其内容是否合法、是否双方自愿达成等因素。若协议是在司法机关介入调查之前达成，且内容合法有效，可能对案件的最终处理有一定影响，但并不足以免除刑事责任。
   • 一旦司法机关介入调查，协议的达成不会阻止司法机关继续追究犯罪嫌疑人的刑事责任。公诉案件的举证责任在公诉机关，不受当事人和解的影响。

4. 特殊情形的考量：

   • 如果存在犯罪情节显著轻微、危害不大等特殊情形，依据刑法的相关规定，可能不被认为是犯罪。例如，侵占财物数额刚达到立案标准，且犯罪嫌疑人在发现错误后及时主动归还财物，没有给单位造成实际损失，并取得了单位的谅解，这种情况下有可能被认定为情节显著轻微而不构成犯罪。但这种情况非常特殊，且需要综合考量多种因素。

总结与建议：

• 职务侵占后达成的协议虽然不能直接免除刑事责任，但在量刑阶段可能会作为从轻处罚的情节被考虑。
• 面对此类法律问题，建议你或相关当事人及时向我咨询，以便更准确地了解法律风险、制定合适的辩护策略，并争取最有利的结果。
• 同时，也提醒你注意，法律程序具有复杂性和专业性，自行处理可能面临诸多风险。因此，在涉及法律问题时，务必谨慎对待，并寻求专业法律帮助。