结论前置：职务侵占完成后，即使有合作协议，也并不能完全避免刑事责任。司法机关仍可依法追究犯罪嫌疑人的刑事责任，但协议的相关情况可能在量刑时被考虑。

详细分析：

1. 职务侵占罪的法律性质：

   • 职务侵占罪是指公司、企业或其他单位的工作人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，且数额较大的行为。这是一种侵犯财产权的犯罪行为，明确受《中华人民共和国刑法》的规制。根据刑法规定，职务侵占罪是公诉案件，由人民检察院代表国家提起公诉，这意味着一旦犯罪行为被确认，司法机关将依法追究犯罪嫌疑人的刑事责任。

2. 合作协议与刑事责任的关系：

   • 合作协议，无论是事前的预防性协议还是事后的赔偿性协议，主要处理的是民事纠纷部分，如财物的返还、赔偿等。然而，它并不能替代司法机关对犯罪行为的刑事追诉。即使被害单位与犯罪嫌疑人就职务侵占的财物返还、赔偿等事项达成了协议，这也不能阻止司法机关对犯罪行为的立案、侦查、起诉和审判。

3. 合作协议对量刑的可能影响：

   • 积极退赃退赔：如果犯罪嫌疑人在案发后积极退还侵占的财物，这通常被视为有一定的悔罪表现。在量刑时，法院可能会将此作为从轻处罚的情节予以考量，甚至在符合条件的情况下适用缓刑。
   • 取得谅解：被害单位出具的谅解书也是法院从轻量刑的因素之一。它体现了双方的和解意愿及被告人的悔罪态度。但需要注意的是，谅解并不必然导致不追究刑事责任，只是在量刑幅度上可能有所体现。

4. 特殊情形下的考量：

   • 虽然一般情况下，职务侵占罪达成协议并不能免除刑事责任，但在某些特殊情形下，如犯罪情节显著轻微、危害不大等，依据刑法的相关规定，可能不被认为是犯罪。例如，如果侵占财物数额刚达到立案标准，且犯罪嫌疑人在发现错误后及时主动归还财物，没有给单位造成实际损失，并取得了单位的谅解，这种情况下有可能被认定为情节显著轻微而不构成犯罪。但这种情况非常罕见，且需要严格的证据支持。

法律建议：

• 面对职务侵占的指控，犯罪嫌疑人应尽早咨询专业律师，了解自己的法律权利和义务。
• 即使与被害单位达成了合作协议，也不能掉以轻心，因为司法机关仍可能依法追究刑事责任。
• 在量刑阶段，应积极展示自己的悔罪表现，如积极退赃退赔、取得被害单位的谅解等，以争取从轻处罚。

总结：职务侵占后达成的合作协议虽然不能直接免除刑事责任，但在量刑阶段可能会作为从轻处罚的情节被考虑。面对此类法律问题，建议尽早向我咨询以获取准确的法律意见和指导。