有合作协议并不直接决定是否构成职务侵占罪，关键在于行为是否符合职务侵占罪的构成要件。以下从不同角度为您详细分析：
一、职务侵占罪的构成要件
职务侵占罪主要涉及公司、企业或其他单位的人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的行为。其构成要件包括：
- 主体要件：必须是公司、企业或其他单位的人员。对于合伙人而言，普通合伙人通常不算职务侵占罪的主体，因为他们对合伙企业债务连带负责，财产共有，管理财产并非基于员工职务关系。然而，如果合伙人是公司股东且在公司任职，利用职务便利侵占公司财物，则可能构成此罪。
- 行为要件：表现为将本单位财物非法占为己有。这里的财物包括有形财产和无形财产。例如，合伙人利用职务之便，擅自挪用合伙企业资金用于个人投资，或私自将企业货物出售获利并据为己有。
- 数额要件：根据相关规定，公司、企业或者其他单位的人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额在三万元以上的，应予立案追诉。
- 主观要件：行为人主观上必须具有故意，且以非法占有为目的。即明知自己的行为会侵犯合伙企业财产权，仍积极追求该结果。
二、合作协议对职务侵占罪认定的影响
合作协议主要规范双方的合作事宜，如合作方式、利润分配、风险承担等。它并不直接决定是否构成职务侵占罪。即使存在合作协议，如果一方利用职务便利等非法占有了本应属于合作另一方的财物，且符合职务侵占罪的构成要件（如数额较大、拒不归还等），仍可能构成职务侵占罪。
三、具体情形分析
如果合伙人利用职务便利非法占有合伙财产：
- 例如，负责财务管理的合伙人利用职务之便私自挪用合伙资金用于个人消费，且数额较大、拒不归还，就可能涉嫌职务侵占罪。
如果仅在合伙事务处理中有分歧或争议：
- 这种情况不能轻易认定为职务侵占罪。因为职务侵占罪要求行为人具有非法占有的故意，并实施了非法占有的行为。而合伙事务处理中的分歧或争议，可能只是对合作方式、利润分配等问题的不同看法，并不涉及非法占有。
四、法律建议
对于合伙人而言：
- 应严格遵守合作协议和法律法规，不得利用职务便利非法占有合伙财产。
- 如果发现其他合伙人存在非法占有行为，应及时收集证据并寻求法律帮助。
对于被侵害方而言：
- 如果发现自己的财物被非法占有，且符合职务侵占罪的构成要件，应及时向公安机关报案。
- 在报案前，应尽可能收集相关证据，如财务记录、交易凭证、证人证言等。
有合作协议并不排除构成职务侵占罪的可能性。是否构成职务侵占罪，关键在于行为是否符合职务侵占罪的构成要件。如果您或您的企业遇到相关法律问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。