公司不能因食堂员工健康证到期而直接停岗停薪。以下是对此问题的详细分析：

1. 法律依据：根据《劳动合同法》及相关规定，用人单位在未经与员工协商一致或未经法定程序的情况下，不得随意停岗停薪。员工健康证到期并不构成用人单位停岗停薪的合法理由。

2. 合同义务：员工与用人单位之间签订有劳动合同，双方应依约履行各自的义务。用人单位有义务提供工作岗位和支付工资，而员工则有义务遵守用人单位的规章制度，包括按要求办理和更新健康证。

3. 合理处理：若食堂员工健康证到期，用人单位应首先通知员工尽快办理新的健康证，并给予合理的宽限期。在宽限期内，用人单位可以安排员工从事其他不需要健康证的工作，或者暂时调整工作岗位，但不应停岗停薪。若员工在宽限期内仍未办理新的健康证，且无法从事其他工作，用人单位可以依据规章制度进行相应处理，但仍需遵循法律程序和规定，不能随意停岗停薪。

4. 员工权益：员工有权要求用人单位按照劳动合同约定提供工作岗位和支付工资。若用人单位无故停岗停薪，员工可以依法向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，维护自己的合法权益。

综上所述，公司不能因食堂员工健康证到期而直接停岗停薪，而应按照法律规定和合同约定，合理处理员工健康证到期的问题。如有进一步疑问或需要法律帮助，请直接向我咨询。