结论前置：产假期间居家办公公司发放了工资，半年后想扣回是不合法的。公司应依法支付产妇产假期间的工资，且不得事后扣回。

分析说明：

1. 产假期间的工资支付规定：

   • 根据《女职工劳动保护特别规定》，女职工产假期间的生育津贴，对已经参加生育保险的，按照用人单位上年度职工月平均工资的标准由生育保险基金支付；对未参加生育保险的，按照女职工产假前工资的标准由用人单位支付。
   • 这意味着，无论女职工是否居家办公，只要她处于产假期间，公司都应按照相关规定支付工资或生育津贴。

2. 公司扣回工资的法律风险：

   • 公司若试图扣回已支付的产假工资，可能构成克扣劳动者工资的行为，这是违反《劳动法》和《劳动合同法》的。
   • 劳动者有权向劳动监察部门投诉，要求公司支付被克扣的工资，并可能获得相应的经济补偿。

3. 建议与措施：

   • 若公司提出扣回产假期间工资的要求，劳动者应首先与公司进行沟通，明确表达自己的合法权益和法律依据。
   • 若沟通无果，劳动者可以收集相关证据（如工资单、劳动合同、产假证明等），向当地劳动监察部门投诉，或依法申请劳动仲裁。

综上所述，产假期间居家办公公司发放了工资后，不得半年后扣回。公司应遵守相关法律法规，保障女职工的合法权益。若遇公司违法扣回工资的情况，劳动者应依法维护自己的权益。