公司应该收取员工回复的函件。下面我从法律角度和实际操作两个方面来详细解释这个问题：

法律角度

1. 合同的解除与通知：

   • 劳动合同的解除是双方法律行为，需要双方的意思表示达成一致。员工通过快递寄送解除劳动合同通知书，是其表达解除意愿的方式。
   • 公司作为合同的另一方，有义务接收并处理员工的解除通知，以明确双方的权利义务关系。

2. 证据保留：

   • 收取员工回复的函件，可以作为公司处理劳动合同解除事宜的证据。在后续可能发生的劳动争议中，这份函件对于证明公司的行为合法性、员工解除合同的意愿等具有重要意义。

实际操作

1. 流程规范：

   • 公司应建立规范的劳动合同解除流程，包括接收员工解除通知、审核通知内容、与员工沟通协商、办理离职手续等环节。收取员工回复的函件是这一流程的重要组成部分。

2. 风险管理：

   • 如果公司拒收员工回复的函件，可能会被视为未妥善处理劳动合同解除事宜，从而引发劳动争议。这不仅会影响公司的正常运营，还可能给公司带来不必要的经济损失和声誉损害。

3. 沟通协商：

   • 收取函件后，公司应及时与员工进行沟通协商，明确双方的权利义务关系，妥善处理劳动合同解除事宜。这有助于维护双方的合法权益，促进劳动关系的和谐稳定。

综上所述，公司应该收取员工回复的解除劳动合同通知书函件。这不仅符合法律要求，也是公司规范处理劳动合同解除事宜、降低风险、维护双方合法权益的重要举措。