结论前置：公司因员工未提交书面离职申请而不发工资是不合理的，也是违法的。劳动者提供劳动后，有权获得相应的报酬，这一权利不受离职手续是否办理的影响。

详细分析：

1. 法律规定：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
   • 《工资支付暂行规定》第九条也明确指出，劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。

2. 公司责任：

   • 公司应当按时支付员工工资，这是其法定义务，不受员工是否提交书面离职申请的影响。
   • 如果公司因员工未提交书面离职申请而不发工资，这实际上是对员工合法权益的侵犯。

3. 员工应对：

   • 首先，员工可以尝试与公司进行沟通协商，明确表达公司要求不合理，并要求公司支付应得的工资。
   • 如果协商无果，员工可以收集相关证据，如劳动合同、考勤记录、工资条等，向当地劳动监察部门进行投诉。
   • 劳动监察部门有权对用人单位进行监督检查，并责令其支付拖欠的工资。
   • 如果劳动监察部门的处理未能解决问题，员工还可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，乃至向人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。

4. 特殊情况：

   • 需要注意的是，如果员工未办理离职手续给公司造成了损失，公司可以要求员工赔偿，但这并不能成为公司克扣员工全部工资的理由。

总结：公司因员工未提交书面离职申请而不发工资是违法的。员工有权要求公司支付应得的工资，并可以通过法律途径来维护自己的合法权益。在整个过程中，员工应保持冷静、理性，并遵循法律程序进行操作。如果你在这方面遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。