公司说那多的钱是加班费不一定合法。针对您提出的问题，我将从以下几个方面进行分析：

一. 加班费的计算与支付标准

根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，用人单位应当按照相应标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬，具体标准如下：

1. 安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬。
2. 休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。
3. 法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。

这表明，加班费的支付是有明确的法律依据和标准的。

二. 加班费的计算基数

加班费的计算基数一般应按照劳动者的全额工资（即实际工资）来计算，但具体情况可能因劳动合同、集体合同或地方政策而有所不同。全额工资通常包括基本工资、绩效工资、岗位津贴等日常、稳定的收入构成部分。如果劳动合同或公司规章制度中明确约定了加班费的计算基数，且该基数不低于劳动者的全额工资，那么公司的做法是合法的。

三. 公司说法的合法性判断

1. 如果公司未能明确说明：如果公司未能在劳动合同或相关规章制度中明确说明工资包含加班费的具体情况，包括加班费的计算方式、支付标准以及支付时间等，那么公司的说法可能构成违法。
2. 如果公司明确说明但支付标准不合理：即使公司明确说明了工资包含加班费，但如果实际支付的加班费低于法定标准，或者将加班费与正常工资混淆，导致劳动者无法清晰区分，那么公司的做法同样可能构成违法。

四. 您的实际情况分析

根据您提供的信息，您的基础工资为2000元，实发工资为4000元，且这种情况持续了十年。如果公司现在说那多的钱是加班费，那么您需要审查劳动合同和公司规章制度中的相关条款，看是否有明确约定。同时，您还需要核实公司过去十年是否按照法定标准支付了加班费。

我的建议：

• 首先，仔细审查劳动合同和公司规章制度中的相关条款，看是否有关于工资包含加班费的明确约定。
• 其次，核算过去十年公司实际支付的加班费是否符合法定标准。
• 如果发现公司存在违法行为，您可以向当地劳动监察部门举报，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

如有进一步需要，您可以继续咨询我。