结论：按基本工资发放加班费并不总是合法的，具体是否合法需根据劳动合同约定、实际工资构成及当地法律法规综合确定。
一、加班费计算基数的确定规则
有约定从约定：
- 如果劳动合同中明确约定了加班费计算基数，并且该基数不低于当地最低工资标准，那么应按照约定的基数来计算加班费。但需要注意的是，若工资项目分为“基本工资”、“岗位工资”、“职务工资”等，应以各项工资总和作为基数，而非单独以“基本工资”作为计算依据。
无约定情形：
- 当劳动合同没有明确约定加班费计算基数或约定不明确时，一般以劳动者实际工资（包括基本工资、奖金、津贴、补贴等，但需扣除加班费、伙食补助和劳动保护补贴等）作为计算基数。若双方对加班工资计算基数存在争议，且无法证明工资构成，通常以劳动者正常出勤月工资为基数，但该基数不得低于当地最低工资标准。
二、加班费支付标准
根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，加班费的支付标准如下：
延长工作时间：
- 用人单位安排劳动者在日法定标准工作时间以外延长工作时间的，应按照不低于劳动合同规定的劳动者本人小时工资标准的150%支付加班费。
- 计算公式：\(平时加班工资 = 小时工资 \\times 1.5 \\times 加班小时数\)，其中，\(小时工资 = 月工资收入 \\div （月计薪天数 \\times 8小时）\)，月计薪天数一般为21.75天。
休息日工作：
- 用人单位安排劳动者在休息日工作且不能安排补休的，应按照不低于劳动合同规定的劳动者本人日或小时工资标准的200%支付加班费。
- 计算公式：\(周末加班工资 = 小时工资 \\times 2 \\times 加班小时数\)。
法定休假日工作：
- 用人单位安排劳动者在法定休假节日工作的，应按照不低于劳动合同规定的劳动者本人日或小时工资标准的300%支付加班费。
- 计算公式：\(法定节假日加班工资 = 小时工资 \\times 3 \\times 加班小时数\)。
三、不合理情况的处理及劳动者权益保障
- 如果劳动合同中约定的基本工资明显低于劳动者正常工作时间的实际工资水平，或企业未经协商一致单方面决定按基本工资计算加班费，这些做法可能损害劳动者的合法权益，被视为不合理且可能违法。
- 劳动者在认为按基本工资计算加班费不合理时，应首先尝试与用人单位进行协商沟通，要求按照法律规定或合理的方式重新确定加班费计算基数。
- 若协商不成，劳动者可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在此过程中，劳动者应保留好相关证据，如加班记录、工资单等，以证明自己的加班事实和工资构成。
四、特殊情形说明
- 对于实行计件工资的劳动者，在完成定额任务后由用人单位安排延长工作时间的，加班费按照不低于其本人法定工作时间计件单价的150%、200%、300%支付。
- 如果加班费计算基数低于当地最低工资标准，则应以日、时最低工资标准为基数进行计算。
建议：作为劳动者，应充分了解自身权益，确保加班费得到合法支付。如果遇到用人单位未按法律规定支付加班费的情况，应积极维护自己的合法权益。同时，用人单位也应遵守相关法律法规，合理支付劳动者加班费，以构建和谐的劳动关系。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。