结论：不合法。用人单位以明显低于实际工资的数额作为加班费计算基数，违反了法律规定，劳动者有权要求用人单位按照实际工资标准支付加班费。
法律分析
加班费计算基数的法律规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，加班费的计算基数应当是劳动者在正常工作时间内的工资收入。如果劳动合同中约定的基本工资明显低于实际工资，且用人单位以此作为加班费的计算基数，这通常是不合法的。
实际工资与合同工资的差异：
- 在您的情况下，劳动合同中约定的基本工资是2060元，但实际工资是12300元。这种差异表明，用人单位在计算加班费时，没有按照劳动者的实际工资标准进行，而是采用了较低的合同工资标准，这违反了法律规定。
加班费的正确计算方式：
- 加班费应当根据劳动者的实际工资和加班时间进行计算。具体来说，工作日加班的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；休息日加班又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；法定休假日加班的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。这里的“工资”指的是劳动者的实际工资，而非合同中约定的基本工资。
法律建议
与用人单位协商：
- 首先，您可以尝试与用人单位进行协商，要求其按照实际工资标准支付加班费。在协商过程中，您可以提供工资条、银行转账记录等证据，以证明您的实际工资水平。
向劳动监察部门投诉：
- 如果协商无果，您可以向当地的劳动监察部门投诉。劳动监察部门有权对用人单位的违法行为进行调查，并要求其改正。在投诉时，您需要提供相关证据，如劳动合同、工资条、加班记录等。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 如果劳动监察部门的处理结果不能满足您的要求，或者用人单位拒绝接受劳动监察部门的处理，您可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或者向人民法院提起诉讼。在仲裁或诉讼过程中，您需要提供充分的证据来证明您的主张。
可能的法律后果
- 如果用人单位被认定存在违法行为，其可能需要支付拖欠的加班费，并可能面临劳动行政部门的罚款等处罚。同时，劳动者的合法权益也将得到保护。
总结：用人单位以明显低于实际工资的数额作为加班费计算基数是不合法的。您有权要求用人单位按照实际工资标准支付加班费，并可以通过协商、投诉、仲裁或诉讼等途径来维护自己的合法权益。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。