结论前置：加班费合同约定按基本工资计算，不一定完全合法，具体是否合法需结合实际情况判断。以下从不同角度进行分析：

1. 法律规定角度

根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：

• 安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
• 休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
• 法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。

同时，根据《关于工资总额组成的规定》第四条，工资总额由下列六个部分组成：计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴、加班加点工资、特殊情况下支付的工资。这里的“工资”通常指的是劳动者在正常工作时间内应得的报酬总额，而不仅仅是基本工资。

分析：如果合同中仅约定加班费按基本工资计算，而忽略了其他工资组成部分（如奖金、津贴等），则可能违反了上述法律规定，因为加班费应基于劳动者正常工作时间的全部工资报酬来计算。

2. 合同约定角度

合同是双方意思表示一致的产物，具有法律约束力。然而，合同的约定不得违反法律、行政法规的强制性规定。

分析：如果合同中关于加班费按基本工资计算的约定，与劳动法等相关法律法规相冲突，则该约定可能被认定为无效。在这种情况下，用人单位仍需按照法律规定支付加班费。

3. 实际操作角度

在实际操作中，一些用人单位可能会通过合同约定加班费按基本工资计算，以降低用工成本。然而，这种做法存在法律风险。

分析：

• 劳动者角度：如果劳动者发现加班费计算方式不合法，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求用人单位按照法律规定支付加班费。
• 用人单位角度：如果用人单位坚持按照合同约定支付加班费，而该约定被认定为违法，则用人单位可能面临支付差额、赔偿损失等法律责任。

4. 特殊情况考虑

在某些特殊情况下，如双方对加班费计算方式有特别约定，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，也不损害劳动者合法权益的，该约定可能被认定为有效。但这种情况较为罕见，且需要严格的法律审查和判断。

建议：

• 劳动者：在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于加班费计算方式的约定。如果发现约定不合法或不合理，应及时与用人单位协商修改。
• 用人单位：在制定劳动合同时，应遵守相关法律法规的规定，确保加班费计算方式的合法性和合理性。避免因为追求短期利益而违反法律规定，引发不必要的法律风险。

总结：加班费合同约定按基本工资计算是否合法，需结合具体情况判断。如果合同约定违反了相关法律法规的强制性规定，则该约定无效。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。