工资5000扣除2500是否合法，取决于扣除的原因和依据。

首先，我们需要明确工资扣除的合法性主要取决于两个方面：一是扣除是否有明确的法律依据或合同约定；二是扣除后的工资是否低于当地最低工资标准。

1. 扣除的法律依据或合同约定：

   • 如果工资扣除是基于法律规定（如税法、社保缴纳等）或劳动合同中的明确约定（如迟到、早退罚款等），并且这些规定或约定是合法有效的，那么扣除2500元可能是合法的。
   • 如果扣除没有法律依据或合同约定，或者依据本身不合法（如雇主随意扣款、罚款等），那么这种扣除就是不合法的。

2. 扣除后的工资是否低于最低工资标准：

   • 扣除2500元后，如果员工的实际工资仍然高于或等于当地最低工资标准，那么从这一角度来看，扣除可能是合法的。
   • 如果扣除后的工资低于当地最低工资标准，那么这种扣除就是不合法的，因为违反了劳动法关于最低工资的规定。

综上所述，要判断工资5000扣除2500是否合法，需要具体了解扣除的原因、依据以及扣除后的工资水平。如果扣除有明确的法律依据或合同约定，并且扣除后的工资不低于最低工资标准，那么这种扣除可能是合法的。否则，就是不合法的。如果你对此有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。