关于“扣工资扣1000是否合法”的问题，结论需分情况讨论：是否合法取决于用人单位扣工资的依据、扣罚金额的合理性以及是否给劳动者造成了实际经济损失等多个因素。以下是对此问题的详细分析：
一、不合法的情形
缺乏合法依据：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关规定，用人单位在制定涉及劳动者切身利益的规章制度时，应经职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。若用人单位未在劳动合同或依法制定的规章制度中明确规定扣工资的情形及扣罚金额，则扣工资行为缺乏法律依据，属于不合法。
- 举例：若公司规章制度中未提及迟到、早退或旷工等行为的扣工资标准，却突然扣除员工1000元工资，这种行为就缺乏合法依据。
扣罚金额过高或不合理：
- 即便用人单位有相关规定，但扣除的工资数额若明显不合理，严重损害劳动者合法权益，也可能不被法律认可。根据《工资支付暂行规定》，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，赔偿可从工资中扣除，但每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
- 计算公式：若员工月工资为W元，则每月最多可扣除的金额为0.2W元，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准M元。即：\(可扣除金额 \leq 0.2W\)，且\(W - 可扣除金额 \geq M\)。
- 举例：若员工月工资为3000元，当地最低工资标准为2000元，则每月最多可扣除600元（0.2 * 3000），扣除后剩余工资不得低于2000元。若扣除1000元，则显然不合法。
未造成实际经济损失或无法证明损失：
- 若员工的迟到、早退或旷工等行为并未给用人单位造成实际经济损失，或用人单位无法提供相应证据证明损失的存在和金额，则扣除工资行为可能不合法。
二、合法的情形
依法制定并公示的规章制度：
- 用人单位需有依法制定并公示的规章制度，其中明确规定了扣工资的具体情形及扣罚金额。
- 举例：公司规章制度中明确规定，员工旷工一天扣除当天工资的三倍作为惩罚，且该规定已通过民主程序制定并向员工公示。若员工确实旷工一天，则扣除相应金额可能合法。
合理扣罚且与实际经济损失相符：
- 扣罚金额需合理，且与员工的违规行为造成的实际经济损失相符。若员工的违规行为确实给用人单位造成了实际经济损失，且损失金额达到或超过扣罚金额，同时用人单位能提供相应证据证明损失的存在和金额，则扣工资行为可能合法。
- 举例：员工因疏忽导致公司设备损坏，维修费用为1000元。若公司规章制度中明确规定此类情况需由员工承担维修费用，且该规定合法有效，则扣除员工1000元工资可能合法。
不违反最低工资标准：
- 扣除工资后，员工的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
三、维权途径
若劳动者认为用人单位扣工资行为不合法，可采取以下途径维护自身权益：
- 协商解决：首先尝试与用人单位进行协商，寻求和解。
- 投诉举报：向当地劳动监察部门投诉举报，请求调查处理。
- 申请劳动仲裁：若协商和投诉均无果，可申请劳动仲裁，通过法律途径解决争议。
四、注意事项
在维权过程中，劳动者应注意保留相关证据，如工资条、考勤记录、规章制度等，以便在需要时提供证明，增强维权的说服力。
总结：扣工资扣1000元是否合法，需综合考虑多个因素。劳动者在面对此类问题时，应了解相关法律法规，根据自身情况选择合适的维权途径，并注重保留相关证据以支持自己的主张。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。