公司扣员工1000元工资是否违法，需根据具体情况来判断。

1. 合法扣除的情况：

   • 根据《工资支付暂行规定》第十六条，如果劳动者自身原因导致用人单位遭受经济损失，用人单位有权依照劳动合同的约定要求其承担相应的赔偿责任。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除之后的剩余工资不得低于当地的最低工资标准。
   • 若用人单位有依法制定的规章制度，且劳动者违反了该规章制度，用人单位也可依据规定实施扣发工资措施，但所扣金额及条件均须严格遵守法律法规的规定。

2. 违法扣除的情况：

   • 如果用人单位无故克扣员工工资，或扣除金额超过法律规定的限制，则属于违法行为。
   • 例如，因迟到等轻微违纪行为而扣除高达1000元的薪资，往往缺乏合法性。用人单位并不具备罚款的权力，无权对劳动者施以经济上的惩罚。
   • 另外，将员工的薪资进行扣减并且以商品优惠券、代金券、实物或其他非货币形式来替代的行为，也不符合法律规范。工资必须以货币的形式按期向员工支付全额。

3. 法律后果与建议：

   • 如果用人单位违法扣除员工工资，员工可以向劳动行政部门进行投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
   • 建议用人单位在制定扣发工资的规章制度时，务必保证其内容合法合规，程序公正透明，并将相关规定向劳动者进行充分的告知与公示。

综上所述，公司扣员工1000元工资是否违法，取决于扣除的原因、金额以及是否符合法律法规的规定。如果员工认为自己所受到的扣款不符合法律规定，应及时向劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁。