结论：公司扣员工2000元是否违法，不能一概而论，需要结合具体情况和相关法律法规来判断。以下从多个角度进行分析：

1. 合法扣除的情形：

   • 法定扣除：根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位可以依法从员工工资中扣除某些费用，如个人所得税、社会保险费、住房公积金等。如果扣除的2000元属于这些法定扣除项目，且扣除金额未超过法定限额，那么这种扣除是合法的。
   • 约定扣除：如果用人单位与员工在劳动合同中明确约定了某些扣除条款，如因员工违反公司规章制度或造成公司损失而需承担的赔偿责任，且这些条款不违反法律法规的强制性规定，那么按照约定扣除也是合法的。但需要注意的是，扣除的金额应当合理，且不得超过员工当月工资的20%（若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付）。

2. 违法扣除的情形：

   • 无合法依据扣除：如果用人单位在没有法定或约定依据的情况下，擅自扣除员工2000元工资，这种行为是违法的。员工有权要求用人单位返还被扣除的工资，并可能因此获得相应的赔偿。
   • 超额扣除：即使存在合法扣除的依据，但如果扣除的金额超过了法定或约定的限额，那么超出部分的扣除也是违法的。例如，如果因员工违反规章制度而需扣除工资，但扣除的金额超过了员工当月工资的20%，那么超出部分就是违法的。

3. 特殊情况下的扣除：

   • 经济性裁员或停工停产：在特殊情况下，如用人单位因经营困难需要经济性裁员或停工停产时，可能会按照相关规定对员工工资进行一定比例的扣除或调整。但这种情况下的扣除需要严格遵守法律法规的规定，并确保员工的合法权益不受侵害。

建议：

• 如果您认为公司扣除的2000元工资存在违法情形，首先应当与公司进行沟通协商，要求公司说明扣除的依据和金额计算方式。
• 如果沟通无果或公司拒绝说明扣除依据，您可以向当地劳动监察部门投诉举报，或者依法申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

可能法律后果：

• 如果公司违法扣除员工工资，除了需要返还被扣除的工资外，还可能面临劳动监察部门的处罚，如罚款、责令改正等。
• 在极端情况下，如果公司的违法行为给员工造成了严重损失或影响，员工还可以通过法律途径追究公司的民事责任或刑事责任。

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