公司罚款员工1000元是否违法需分情况讨论，具体分析如下：

1. 若公司罚款依据为员工违反公司规章制度，且规章制度合法有效
   根据《劳动合同法》第四条，公司规章制度需经民主程序制定（如职工代表大会讨论）、内容合法且公示告知员工。若罚款条款同时满足以下条件，则可能合法：

   • 罚款金额未超过员工当月工资的20%（依据《工资支付暂行规定》第十六条）；
     
   • 罚款后员工当月工资不低于当地最低工资标准；
     
   • 罚款事由与员工行为直接相关（如迟到、旷工、严重失职等）。
     但需注意：即使符合上述条件，公司仍无权直接从工资中扣除罚款，应通过协商或劳动仲裁程序解决。

2. 若公司罚款无合法依据或程序违法
   以下情形属于违法行为：

   • 罚款依据无效：规章制度未经过民主程序、未公示，或内容违反法律强制性规定（如“员工未完成业绩罚款”）；
     
   • 罚款金额超标：单次罚款超过月工资20%，或罚款后工资低于最低标准；
     
   • 罚款事由不合理：如因员工私人生活问题罚款，或罚款与行为严重程度不成比例；
     
   • 直接扣工资未协商：公司单方面从工资中扣除罚款，未与员工协商或未通过法定程序。
     法律后果：员工可向劳动监察部门投诉，要求公司返还罚款并赔偿损失；若因此解除劳动合同，还可主张经济补偿。

3. 特殊情形：公司无罚款权
   根据《劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或无故拖欠。除法定情形（如代扣个税、社保等），公司无权对员工进行经济处罚。若公司以“罚款”名义变相克扣工资，即使规章制度合法，也可能被认定为违法。

建议行动：

• 若您认为公司罚款违法，可先与公司协商要求返还；
  
• 协商无果可向当地劳动监察大队投诉（电话12333），或申请劳动仲裁；
  
• 保留劳动合同、工资条、罚款通知等证据，以备维权使用。
  

如有进一步细节（如罚款原因、公司制度内容等），可随时向我补充说明，我会为您具体分析。