单位将基本工资和绩效工资做考核，其合法性需根据具体情况来判断。以下是对此问题的详细分析：
合法情形：
- 符合法律规定和约定：根据《中华人民共和国劳动法》第四十七条，用人单位有权依法自主确定工资分配方式和水平。因此，如果劳动合同或员工手册中明确约定了基本工资的考核方式，并且这种考核方式不违反法律法规的强制性规定，那么这种考核就是合法的。
- 基于合理的管理需要：单位为了激励员工提升工作效率和质量，可以将基本工资与绩效考核相结合，但考核标准必须明确、公正、合理，并经过民主程序制定及公示。
- 不违反最低工资规定：考核后的基本工资不得低于当地最低工资标准。如果考核导致员工工资低于这一标准，那么这种考核就是违法的。
违法情形：
- 违反最低工资保障制度：如果单位通过不合理的考核条件变相降低员工工资，使得员工的基本工资低于法定最低工资标准，那么这种考核就是违法的。
- 考核标准不明确或不合理：如果单位没有制定明确的考核标准，或者考核条件过于苛刻、不合理，使员工即使付出正常努力也难以达到要求，那么这种考核也可能被视为违法。
- 违反法律规定扣减基本工资：根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。因此，如果单位在绩效考核中无故扣减员工的基本工资，那么这种扣减行为就是违法的。
综上所述，单位将基本工资和绩效工资做考核的合法性取决于具体情况。单位在制定和执行考核制度时，必须严格遵守相关法律法规，确保考核标准的明确性、合理性以及公平性，同时保障员工的合法权益不受侵犯。如果你在这方面有任何疑问或需要帮助，请直接向我咨询。