关于你2025年5月29日离职，用人单位却扣除了你5月31日（法定假日）工资的问题，我可以给你明确的解答。
首先，结论前置：五一劳动节作为法定节假日，如果你与用人单位在五一假期期间仍存在劳动关系，且该假期是带薪的，那么用人单位不应扣除你5月31日的工资。
接下来，详细分析：
法定节假日的工资权益：
- 根据《劳动法》等相关法律法规，劳动者在法定节假日期间享有带薪休假的权利。五一劳动节是法定的节假日，因此，只要你在五一假期期间与用人单位存在劳动关系，且该假期是按照国家规定进行休假的，你就有权获得相应的工资。
离职与工资支付的关系：
- 你提到是在2025年5月29日离职的，而5月31日是五一劳动节法定假日的一部分。如果你的离职手续已经办理完毕，但离职生效日期并未明确在五一假期之前，或者虽然你提出了辞职但在五一假期期间你的劳动关系仍然存续，并且你按照国家规定进行了休假，那么用人单位无权扣除你5月31日的工资。
特殊情况的处理：
- 如果用人单位有特殊的工资支付规定，或者你们之间有特别的约定，并且这些规定或约定不违反法律法规的强制性规定，那么可能会对你的工资支付产生影响。但这种情况较为少见，且需要具体查看相关规定或约定。
最后，法律建议：
- 如果用人单位无故扣除了你5月31日的工资，你可以首先尝试与用人单位进行协商，要求补发该部分工资。
- 如果协商无果，你可以向当地的劳动监察部门进行投诉，或者依法申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
总之，五一劳动节作为法定节假日，你在此期间享有带薪休假的权利。如果用人单位无故扣除了你5月31日的工资，你可以采取上述措施来维护自己的合法权益。