公司不能以不合理规章制度为由乱扣员工工资。以下是对此问题的详细分析：

1. 法律法规依据：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
   • 《工资支付暂行规定》第十五条也明确规定，用人单位不得克扣劳动者工资。

2. 不合理规章制度的无效性：

   • 如果公司的规章制度中包含不合理或违法的条款，如未经法定程序制定、内容违反法律法规或侵犯员工合法权益等，这些条款是无效的。
   • 员工有权拒绝执行不合理的规章制度，并且公司不能因此扣减员工工资。

3. 员工应对措施：

   • 员工应先与公司进行沟通，了解扣工资的具体原因，并要求公司提供合理的解释和依据。
   • 如果公司无法提供合理依据或拒绝沟通，员工可以向当地劳动监察部门投诉，要求维护自己的合法权益。
   • 在必要时，员工还可以提起劳动仲裁或诉讼，通过法律途径维护自己的工资权益。

4. 法律后果：

   • 如果公司被认定存在乱扣工资的行为，不仅需要补发被扣的工资，还可能面临行政处罚和赔偿责任。
   • 公司的行为如果构成严重违法，还可能影响公司的信誉和声誉，甚至导致法律纠纷和诉讼。

综上所述，公司不能以不合理规章制度为由乱扣员工工资。员工在面对此类情况时，应积极维护自己的合法权益，通过沟通、投诉、仲裁或诉讼等途径来解决问题。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。