公司未经员工同意擅自扣工资是违法的，员工有权要求公司补发被扣的工资，并可能根据具体情况追究公司的法律责任。以下从不同角度为你详细分析：
法律背景
根据《中华人民共和国劳动法》第五十条的规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，公司未经员工同意，擅自扣减工资，违反了这一法律规定，侵犯了员工的合法权益。
法律建议
与公司协商：
- 首先，你可以尝试与公司进行协商，了解公司扣减工资的具体原因，并要求公司补发被扣的工资。
- 在协商过程中，你可以引用《劳动法》的相关规定，强调公司行为的违法性，并表达自己的合理诉求。
向劳动监察部门投诉：
- 如果协商无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉公司的违法行为。
- 劳动监察部门有权对公司进行调查，并根据调查结果对公司进行处罚，同时要求公司补发你的工资。
申请劳动仲裁：
- 你还可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，要求公司支付被扣的工资，并可能要求公司支付经济补偿金或赔偿金。
- 在申请劳动仲裁时，你需要提供相关证据，如工资条、银行转账记录、与公司协商的记录等，以证明公司擅自扣减工资的事实。
提起诉讼：
- 如果对劳动仲裁结果不满意，你还可以向法院提起诉讼，通过司法途径维护自己的合法权益。
可能的法律后果
- 公司补发工资：无论通过哪种途径解决，公司最终都需要补发被扣的工资。
- 公司支付经济补偿金或赔偿金：如果公司的违法行为给你造成了损失，如影响了你的生活、造成了精神损害等，你还可以要求公司支付相应的经济补偿金或赔偿金。
- 公司受到行政处罚：劳动监察部门在调查后，如果确认公司存在违法行为，可能会对公司进行罚款、责令改正等行政处罚。
注意事项
- 在处理此类问题时，建议你保留好相关证据，如工资条、银行转账记录、与公司协商的记录等，以便在需要时提供证明。
- 如果你对法律程序不熟悉，可以寻求专业律师的帮助，以确保你的权益得到充分维护。
如果你在此过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。