工厂工作日放假扣周末加班费是违法的。

我国劳动法明确规定，企业只有在行使法定周休息日调休的权利时才可进行休息日的调整。这意味着，公司在七天工作日内有权对休息日期作出适当安排，但不能以放假或请假等方式来抵消相应的加班费用。只要员工付出了额外的劳动，在周末进行了加班，他们就应获得合理的薪酬补偿，即加班费。

具体来说，根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，用人单位应当保证劳动者每周至少休息一日，且劳动者在休息日加班的，应支付不低于工资的百分之二百的工资报酬作为加班费。因此，工厂如果因工作日放假而扣除员工本应获得的周末加班费，是违反了劳动法的规定的。

如果你遇到了这样的情况，可以与工厂进行沟通，要求工厂按照法律规定支付加班费。如果沟通无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉，以维护自己的合法权益。