劳动检查工资发放正常但不在本公司发放，存在被稽查的风险。以下是对此问题的详细分析：

一. 工资发放与稽查的关系

1. 工资发放的正常性：从税务和劳动监察的角度来看，工资发放的正常性不仅指按时足额发放，还包括发放过程的合规性。这包括是否依法履行纳税申报义务、是否如实申报工资并缴纳相关税费等。

2. 不在本公司发放的风险：如果员工的工资不是由与其签订劳动合同的公司直接发放，而是由其他公司代发，这本身并不直接构成违法。但关键在于这种发放方式是否有合法的依据和明确的委托代发协议。若缺乏这些，就可能引起税务和劳动监察部门的关注，存在被稽查的风险。

二. 稽查的重点与方向

1. 税务稽查：税务部门主要关注企业是否依法履行纳税申报义务、是否如实申报工资并缴纳相关税费。对于不在本公司发放工资的情况，税务部门可能会核查代发协议的真实性、合法性，以及是否存在虚报工资、逃避税收等行为。

2. 劳动监察：劳动监察部门则主要关注企业是否遵守劳动法律法规、是否保障劳动者的合法权益。对于工资发放问题，劳动监察部门会检查工资支付记录、劳动合同等书面证据，以确保劳动者的工资得到按时足额支付。

三. 合法合规的建议

1. 明确委托代发协议：如果确实存在由其他公司代发工资的情况，我建议双方应签订明确的委托代发协议，明确各方的权利义务，确保代发过程的合规性。

2. 依法履行申报义务：无论是本公司发放还是委托其他公司代发，都应依法履行纳税申报义务，如实申报工资并缴纳相关税费。

3. 保留相关证据：企业应妥善保留与工资发放相关的所有书面证据，如委托代发协议、工资支付记录、劳动合同等，以备不时之需。

综上所述，虽然劳动检查工资发放正常但不在本公司发放本身并不直接构成违法，但缺乏合法依据和明确的委托代发协议可能引发稽查风险。因此，企业应确保工资发放过程的合规性，并依法履行相关义务。如有进一步需要，您可以继续咨询我。