若工资发放不在本公司发放，需分情况处理，核心结论如下：

1. 若属于合法委托代发
   若公司因管理需要（如集团统一发放、财务系统外包等），通过第三方机构（如关联公司、银行代发系统）代发工资，且已通过书面劳动合同、员工手册或公告等形式明确告知员工，同时确保工资数额、发放时间符合约定及法定标准（如足额支付、按时发放），则属于合法操作。
   建议：员工可要求公司出具工资代发说明或查询工资明细，确认工资总额、扣除项（如社保、个税）是否准确。若存在疑问，可直接向公司HR或财务部门核实。

2. 若属于违法转移债务或逃避责任
   若公司为规避劳动法义务（如未缴社保、拖欠工资、未签劳动合同等），通过关联公司或个人账户发放工资，试图模糊劳动关系主体，则可能涉嫌违法。例如：

   • 公司要求员工与第三方签订“虚假劳动合同”，但实际工作仍由原公司安排；
     
   • 工资通过个人账户（如老板私人账户）发放，且未缴纳社保、公积金；
     
   • 公司以“代发”为名，实际克扣工资或延迟发放。
     建议：
     
   • 收集证据：保留工资条、银行流水（注明对方账户信息）、工作证、考勤记录、与公司的沟通记录（如邮件、微信）等，证明实际劳动关系主体为公司；
     
   • 主张权利：
     
     • 若公司未签劳动合同，可要求支付未签合同的双倍工资差额（最多11个月）；
       
     • 若未缴社保，可向社保部门投诉，要求补缴；
       
     • 若拖欠工资，可向劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁，要求足额支付并加付赔偿金（50%-100%）；
       
     • 若公司以“代发”为由否认劳动关系，可通过仲裁确认劳动关系，再主张其他权益。

3. 若涉及劳务派遣或外包关系
   若员工实际与第三方公司（如劳务派遣公司、外包公司）签订劳动合同，但被派遣至原公司工作，则工资由第三方公司发放属于合法。但需注意：

   • 劳务派遣公司需具备资质；
     
   • 实际用工单位（原公司）不得克扣派遣员工工资，且需承担同工同酬义务；
     
   • 若派遣公司未依法支付工资，员工可同时追究派遣公司和实际用工单位的责任。
     建议：核实劳动合同主体，若发现被“虚假派遣”（如实际由原公司管理却签派遣合同），可收集证据主张实际劳动关系。

总结：工资代发是否合法，关键看是否损害员工权益（如未足额支付、逃避社保、模糊劳动关系）。若存在违法情形，员工需及时取证并通过投诉、仲裁等途径维权。如有具体疑问，可直接向我咨询，我会结合您的证据和细节进一步分析。