工资已发，稽查仍然可能会管。这主要是因为税务稽查并不仅仅关注工资是否发放，而是会深入核查工资发放的合规性、真实性以及是否涉及税务问题。以下从几个角度详细分析：
一、税务稽查的目的与范围
税务稽查是税务机关依法对纳税人、扣缴义务人履行纳税义务、扣缴义务情况进行检查和处理的工作。其目的在于确保税收法律法规的贯彻执行，维护税收秩序，保障国家税收收入。因此，税务稽查的范围广泛，包括但不限于纳税人的收入、成本、费用、利润等各个方面，工资发放作为企业成本的重要组成部分，自然也在稽查范围之内。
二、工资发放可能涉及的税务问题
工资薪金所得的计税：企业需要按照税法规定，对员工的工资薪金所得进行代扣代缴个人所得税。如果企业未按规定代扣代缴，或者存在少报、漏报等情况，就可能引发税务稽查。
工资发放方式的合规性：企业应通过银行转账等合规方式发放工资，避免使用私户或现金发放，以减少税务风险。如果企业采用不合规的方式发放工资，如通过发票报销冲抵工资，就可能被税务机关认定为偷逃税款，从而引发稽查。
工资水平的合理性：如果企业员工工资水平普遍偏低，或者各岗位之间工资差距极小，且无法合理解释原因，就可能引起税务机关的注意。因为这种情况可能暗示企业存在通过低报工资来减少税负的行为。
三、税务稽查的具体手段
税务机关在稽查工资发放情况时，会采取多种手段，包括但不限于：
检查工资支出的相关凭证：如工资花名册、考勤表、工资计算表、工资明细账、工资发放凭证等，以确认企业工资发放数据的真实性。
审查各项补贴、奖金、福利的计税情况：确保企业已按规定代扣代缴了个税，不存在漏税问题。
运用大数据和人工智能技术：通过金三、金四和社保系统联合数据分析，实时取得纳税人全方位的涉税信息并开展风险分析筛查。
四、法律后果与建议
如果企业被税务机关稽查发现存在工资发放方面的税务问题，可能面临补缴税款、滞纳金、罚款等法律后果。因此，我建议企业：
加强内部管理：建立健全的工资发放制度，确保工资发放的合规性和真实性。
定期自查：定期对工资发放情况进行自查，及时发现并纠正可能存在的问题。
积极配合税务稽查：如果企业被税务机关稽查，应积极配合并提供相关证据材料，以证明自身的合规性。
如果您在工资发放或税务方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。