当公司主体变更，新公司同意继承工龄但员工拒签时，处理方式主要取决于原劳动合同是否受影响。以下是具体的分析：
原合同无法履行的情况：
- 如果公司主体变更导致原劳动合同无法继续履行，且员工拒绝签订新合同，根据《劳动合同法》的规定，公司有权选择以下两种方式之一解除劳动合同：一是提前三十日以书面形式通知员工本人；二是额外支付员工一个月工资后解除劳动合同。
- 在解除劳动合同时，公司还需要按照员工在本单位的工作年限给予经济补偿，每满一年支付一个月工资的经济补偿金。
原合同继续有效的情况：
- 如果公司主体变更并不影响原劳动合同的履行，那么原劳动合同继续有效。此时，员工拒签新合同并不影响其按照原合同继续工作。
- 如果员工因为拒签新合同而选择主动离职，这种情况下公司无需支付经济补偿金。
举例说明：
- 假设某公司进行主体变更，要求员工签订新合同。员工小李认为变更后的公司可能会对自身权益有影响，因此拒绝签订新合同。如果公司主体变更确实导致原劳动合同无法继续履行，且公司已与小李协商但小李仍拒绝签订新合同，那么公司可以依法提前三十日书面通知小李或额外支付一个月工资后解除劳动合同，并按小李的工作年限支付经济补偿金。
- 如果公司主体变更并不影响原劳动合同的履行，小李拒签新合同并不影响其按原合同履行。但如果小李因此选择主动离职，公司则无需支付经济补偿金。
法律建议：
- 在公司主体变更时，建议公司首先评估变更是否会影响原劳动合同的履行。如果会影响，应及时与员工协商变更合同内容，并尽量确保员工的权益不受损害。
- 如果员工拒绝签订新合同，公司应依法处理，确保解除劳动合同的程序合法，并按时支付经济补偿金（如适用）。
- 员工在面临公司主体变更时，也应了解自己的权益和义务，如有疑虑应及时咨询专业律师或相关法律机构。
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