结论：劳动合同主体变更时，劳动者拒签是否有经济补偿，需根据变更的具体情况、是否协商一致以及用人单位是否存在违法行为来综合判断。以下是详细分析：
一、用人单位合法且合理变更主体，劳动者无正当理由拒签
情况说明：若用人单位因合并、分立等法定事由变更劳动合同主体，且变更后的劳动合同内容（如薪资待遇、工作地点、岗位等）未发生不利变更，或变更对劳动者权益无重大影响，同时用人单位已履行了合理的告知和协商义务，劳动者无正当理由拒绝签订新合同的，用人单位通常无需支付经济补偿。
法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十四条，用人单位发生合并或者分立等情况，原劳动合同继续有效，劳动合同由承继其权利和义务的用人单位继续履行。若变更主体后，新合同内容未损害劳动者权益，且劳动者无正当理由拒签，则不构成用人单位支付经济补偿的法定情形。
二、用人单位违法变更主体或未履行协商程序，导致劳动者拒签
情况说明：
- 变更内容违法：若用人单位提出的劳动合同变更内容违反法律法规，如降低劳动报酬、延长工作时间且不支付加班费、恶化劳动条件等，劳动者有权拒绝签订新合同，并要求用人单位按工作年限支付经济补偿。
- 未履行协商程序：若用人单位未经与劳动者协商就擅自变更劳动合同主体，劳动者拒绝签署变更协议，且用人单位以此为由解除劳动合同的，属于违法解除。此时，用人单位应按经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。
经济补偿标准：
- 经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，以每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
- 若劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，且向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十六条，用人单位依照本法第三十六条规定（协商一致解除劳动合同）、第四十条规定（无过失性辞退）解除劳动合同的，应当向劳动者支付经济补偿。
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十八条、第八十七条，用人单位违法解除或者终止劳动合同的，应当依照本法第四十七条规定的经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。
三、特殊情况下的经济补偿
- 若用人单位在变更劳动合同主体过程中存在过错，如欺诈、胁迫劳动者，或未经同意且无合法理由变更合同关键条款，导致劳动者拒签的，劳动者除有权要求用人单位支付经济补偿外，还可要求用人单位赔偿因此遭受的损失。
四、建议与注意事项
对于劳动者：
- 在面临劳动合同主体变更时，应仔细审阅变更内容，了解自己的权利和义务。
- 如不同意变更，应及时与用人单位沟通，并保留好相关证据（如变更通知书、沟通记录、工资单等）。
- 若用人单位存在违法行为，可通过劳动仲裁或诉讼等法律途径维护自身权益。
对于用人单位：
- 在变更劳动合同主体前，应与劳动者进行充分协商，确保变更内容合法、合理，并达成一致意见。
- 应妥善保存协商和变更过程中的所有证据，以应对可能的法律纠纷。
- 避免采取欺诈、胁迫等非法手段迫使劳动者接受变更。
总结：劳动合同主体变更时劳动者拒签是否有经济补偿，需综合考虑变更内容的性质、是否协商一致以及用人单位是否存在违法行为等多个因素。在实际操作中，建议双方通过友好协商解决争议，必要时可寻求法律途径维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。