当公司变更主体合同而员工不同意签字时，处理方式需严格遵循法律规定。具体分析如下：

1. 确认主体变更情形：

   • 若公司主体变更属于合并、分立等法定情形，根据《劳动合同法》第三十四条，原劳动合同继续有效，由承继其权利和义务的用人单位继续履行。员工无需签订新合同，原合同内容继续对双方具有约束力。
   • 若主体变更不属于上述法定情形，公司需与员工协商一致才能变更合同。此时，员工有权拒绝签订新合同，且公司不能以“拒签合同”为由解除劳动合同，否则可能构成违法解除。

2. 员工拒签的法律后果：

   • 若员工拒绝签订新合同，且公司主体变更不属于法定情形，公司直接解除劳动合同将构成违法解除。员工有权要求公司继续履行合同，或者要求公司支付赔偿金。
   • 赔偿金标准为经济补偿标准的二倍。经济补偿按照员工在本单位的工作年限来计算，每满一年支付一个月工资。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付一个月工资的二倍作为赔偿金。

3. 员工的应对策略：

   • 明确拒绝理由，并以书面形式回复公司，说明拒绝签订新合同的原因。
   • 保留好与公司沟通的记录、原合同、工资单等材料，以备不时之需。
   • 若公司采取不当手段逼迫员工接受变更，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请仲裁，维护自己的合法权益。

4. 公司的合规操作建议：

   • 在进行主体变更前，提前与员工沟通，协商变更事宜，并听取员工的意见。
   • 确保新合同不降低员工的原有待遇，包括薪资、岗位、工作地点等。
   • 签订三方协议，明确原单位、新单位与员工的权利义务转移，确保变更过程的合法性和合规性。

综上所述，当公司变更主体合同而员工不同意签字时，公司应首先确认主体变更是否属于法定情形，并遵循法律规定与员工进行协商。员工也有权拒绝签订新合同，并依法维护自己的合法权益。若双方无法协商一致，可通过劳动仲裁等合法途径解决争议。