当实际履行劳动合同主体变更，而员工不同意签字但实际仍在履行时，主要遵循以下法律原则和处理方式：

1. 法律原则：

   • 劳动合同主体的变更属于对劳动合同的重要变更，需双方协商一致。
   • 若员工不同意变更，原劳动合同继续有效，双方应按原合同履行各自权利义务。
   • 用人单位强行变更可能构成违约或违法解除劳动合同，需承担相应法律责任。

2. 处理方式：

   • 员工立场：员工有权拒绝变更，并继续按原劳动合同履行。若因此导致劳动合同解除，员工可要求用人单位支付赔偿金，标准为经济补偿标准的二倍。
   • 用人单位责任：用人单位应尊重员工意愿，不得强行变更劳动合同主体。若需变更，应与员工协商一致，并签订书面变更协议。
   • 法律途径：若双方协商不成，员工可通过劳动仲裁等合法途径维护自身权益，要求恢复劳动关系或支付赔偿金。

3. 特殊情况：

   • 若用人单位因合并、分立等法定情形导致劳动合同主体变更，且不影响员工权益的，原劳动合同继续有效，由承继其权利和义务的用人单位继续履行。
   • 若变更后主体的工作环境、工作强度等与原主体差异较大，员工权益受到影响的，用人单位应与员工协商并给予合理补偿。

综上所述，当实际履行劳动合同主体变更而员工不同意签字但实际仍在履行时，员工有权拒绝变更并继续按原劳动合同履行。用人单位应尊重员工意愿，不得强行变更，否则需承担相应法律责任。若双方协商不成，员工可通过法律途径维护自身权益。