签订了劳动合同主体变更协议后，实际用工主体是可以用来认定劳动关系的，但具体认定需结合多种因素综合判断。以下从不同角度为您详细分析：

1. 劳动合同主体变更协议的法律效力

劳动合同主体变更协议，通常是在原劳动合同基础上，对用人单位或劳动者一方进行变更的协议。这种变更可能是基于公司重组、并购、分立等情形。根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容。因此，如果劳动合同主体变更协议是双方真实意思表示，且不违反法律、行政法规的强制性规定，那么该协议是具有法律效力的。

2. 实际用工主体与劳动关系的认定

劳动关系的认定，并不仅仅依赖于劳动合同上的用人单位名称，而是需要综合考虑多种因素，包括但不限于：

• 实际用工情况：劳动者是否实际为该主体提供劳动，接受该主体的管理、指挥和监督。
• 工资支付情况：劳动者的工资是否由该主体支付，支付方式、时间等是否符合劳动关系的特征。
• 社会保险缴纳情况：劳动者的社会保险是否由该主体缴纳。
• 其他相关证据：如工作证、服务证、考勤记录、招聘登记表、报名表等能够证明劳动关系存在的证据。

如果实际用工主体与劳动合同主体变更协议中的用人单位一致，且劳动者能够提供上述相关证据，那么通常可以认定劳动者与该实际用工主体之间存在劳动关系。

3. 特殊情况下的劳动关系认定

在某些特殊情况下，即使劳动合同主体发生了变更，劳动关系的认定也可能存在争议。例如：

• 关联企业间的用工：如果原用人单位与新用人单位存在关联关系，且劳动者实际上是在为关联企业提供劳动，那么劳动关系的认定可能需要综合考虑关联企业的用工情况、管理关系等因素。
• 劳务派遣或外包：如果原用人单位将劳动者派遣或外包给其他单位，那么劳动关系的认定可能需要依据劳务派遣或外包协议的相关规定。

4. 法律建议

• 保留证据：无论劳动合同主体如何变更，劳动者都应保留好与用工主体相关的所有证据，包括劳动合同、工资单、社会保险缴纳记录、工作证等。
• 及时咨询：如果劳动者对劳动关系的认定存在疑问，或者认为自己的权益受到了侵害，应及时向专业律师咨询，以便及时维护自己的合法权益。
• 注意协议条款：在签订劳动合同主体变更协议时，劳动者应仔细阅读协议条款，确保自己的权益得到充分保障。

举例说明：假设劳动者A原与B公司签订劳动合同，后因B公司重组，与C公司签订了劳动合同主体变更协议。如果A实际上是在为C公司提供劳动，且C公司向A支付工资、缴纳社会保险，那么A与C公司之间通常可以认定存在劳动关系。但如果A实际上是在为B公司的关联企业D公司提供劳动，且D公司向A支付工资、缴纳社会保险，那么A与D公司之间可能存在劳动关系，而与C公司之间的劳动关系则可能存在争议。

如果您在劳动关系认定方面遇到任何问题，或者需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据您的具体情况，为您提供专业的法律建议。