这半天假不应该扣工资。下面我来详细解释一下：

首先，根据《工伤保险条例》的相关规定，员工在上下班途中，受到非本人主要责任的交通事故或者城市轨道交通、客运轮渡、火车事故伤害的，应当认定为工伤。虽然您提到的情况并不严重，但只要符合上述条件，即员工在上班途中且非本人主要责任被车撞，那么理论上是可以认定为工伤的。

接下来，关于工伤期间的待遇问题，根据《工伤保险条例》第三十三条的规定，职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。也就是说，如果员工因工伤需要请假配合处理相关事宜，如配合交警处理等，这期间单位是不应该扣减员工工资的。

因此，结合您的情况，员工在上班途中被车撞了，虽然不严重但需要请半天假配合交警处理，这半天假按照法律规定是不应该扣工资的。如果单位有扣减工资的行为，员工可以与单位沟通协商，要求单位按照法律规定支付工资。如果沟通无果，员工还可以向当地劳动监察部门投诉举报，维护自己的合法权益。