下班刷卡早退了1秒钟就要扣除半小时加班不合法。具体分析如下：

1. 法律依据：

   • 根据《劳动法》及《劳动合同法》的相关规定，用人单位应当合理制定并执行工时制度，保障劳动者的合法权益。对于加班的扣除，应当有明确的制度规定，并且该规定应当符合法律法规的要求，不能随意扣除劳动者的加班时间。

2. 合理性分析：

   • 早退1秒钟在实际工作中几乎可以忽略不计，对用人单位的生产经营不会造成实质性影响。因此，用人单位以此为由扣除半小时加班显然不合理，有滥用管理权限之嫌。

3. 制度要求：

   • 用人单位在制定工时制度时，应当明确加班的计算方式、扣除标准等，并且这些制度应当经过民主程序制定，向劳动者公示或告知。如果用人单位的制度中并未明确规定早退1秒钟就要扣除半小时加班，那么该扣除行为就缺乏制度依据。

4. 建议：

   • 如果你遭遇了这种情况，可以先与用人单位进行沟通，了解扣除加班的具体原因和依据。如果认为扣除不合理，可以向用人单位提出异议，要求按照实际加班时间进行计算。
   • 如果沟通无果，你可以向当地劳动监察部门投诉，或者通过法律途径维护自己的合法权益。

综上所述，下班刷卡早退了1秒钟就要扣除半小时加班是不合法的。用人单位应当合理制定并执行工时制度，保障劳动者的合法权益。如果你遭遇了这种情况，可以通过沟通、投诉或法律途径来维护自己的权益。