公司规定下班时间不能晚打卡，晚一分钟就扣钱，其合法性并非绝对，而是取决于多个因素。以下是对此问题的详细分析：
制度的制定与公示
- 根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位在制定涉及劳动者切身利益的规章制度时，应当经过民主程序，即与职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。这是确保制度合法性的重要步骤。
- 制定的制度还需要向劳动者进行公示或告知，例如通过张贴公告、组织培训学习等方式，确保劳动者充分知晓并理解制度内容。若公司未遵循这些程序，其制定的扣款制度可能被视为不合法。
扣工资数额的合理性
- 《工资支付暂行规定》明确规定了因劳动者原因给用人单位造成经济损失时的赔偿限额，即每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。
- 对于下班晚打卡这种通常不会给公司造成实际经济损失的行为，如果公司设定的扣工资标准过高（如晚一分钟扣几十元甚至上百元），则可能被视为不合理，并违反上述规定。
合法与不合法的具体情况
- 合法情况：如果公司通过合法的民主程序制定了下班晚打卡扣工资的制度，且该制度已向劳动者进行了公示或告知，同时扣工资数额合理，基于公司管理成本等合理因素考量，并且扣工资后劳动者实际到手工资不低于当地最低工资标准，那么这种扣款行为可能是合法的。
- 不合法情况：如果公司未经民主程序制定下班晚打卡扣工资的制度，或者制度未向劳动者公示；扣工资数额不合理，明显超出法定限额；或者制度本身存在其他违法情形（如歧视性条款等），那么这种扣款行为可能是不合法的。
员工权益保护：
- 如果员工认为公司扣工资行为不合法，可以向劳动监察部门投诉，要求维护自己的合法权益。投诉时，应提供相关证据，如工资条、打卡记录、公司制度等，以支持自己的主张。
- 员工也可以寻求法律帮助，通过劳动仲裁或诉讼等法律途径维权。在维权过程中，员工应了解自己的权益和法律程序，以便更好地维护自己的合法权益。
总结与建议：
- 公司在制定下班晚打卡扣工资的制度时，应确保程序的合法性、内容的合理性以及充分的公示与告知，以避免引发不必要的法律纠纷。
- 员工应了解自己的权益和法律程序，对于不合法的扣工资行为要勇于维权。如果遇到问题，可以直接向我咨询，我会提供专业的法律建议和帮助。